Bioblogs

Job Scheduler로 보는 맞춤형 의료 서비스

hongiiv 2008. 7. 7. 02:12
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민간 우주 여행, 로봇의 달탐사, 10일 안에 100명의 Genome 염기서열 분석 모두 꿈 같은 이야기이지만, 그 꿈같은 이야기들이 X PRIZE 재단에 의해서 커다란 상금을 걸고 진행중이거나 이미 끝난 대회이다.

2006년 개인의 맞춤형 의료 서비스의 진입을 위하여 X PRIZE에서는 민간에서 10일 안에 100명의 Genome을 해석할 수 있다면, 그것도 Genome 당 $10,000 이상의 비용이 들어가지 않도록 해낸다면, $1,000만 우승 상금을 얻게 된다. 이것이 바로 Archon X PRIZE for Genomics 이다.

그럼 이러한 일을 가능하게 하는데 중요한 역할을 하는 것이 무엇일까? 바로 Grid 컴퓨팅이나 클러스터 컴퓨팅의 Job Scheduler, DRM(Distributed Resource Manger)이다. ^^;; 바로 이전 포스팅에서 언급했던, 생물학적인 원리를 바탕으로 대규모의 서열 데이터가 시퀸싱 기계에 의해서 쏟아져 나오면 초기 데이터로 부터 서열을 얻기까지는 바로 대량의 컴퓨팅 파워가 필요하고, 이때 대량의 컴퓨팅 리소스를 잘 분배, 관리하여 원활하게 대규모의 컴퓨터를 사용하기 위해 필요한 것이 바로 Job Scheduler, 흔히 DRM이라고 불리는 그것이다.

이러한 DRM의 하나인 Grid Engine의 블로그를 보면 Illumina의 시퀸싱 기계에서 서열을 얻는 과정에서 Grid Engine이 핵심적인 역할을 수행하고 있으며, 이를 위한 Google 그룹스 페이지도 소개하고 있다.(Google Groups: Grid Engine Life Science SIG)


Illumina는 아니지만, ABI의 shotgun sequencing을 위한 DNA Analyzer들 (출처:  Flickr )

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Grid Engine이 장착된 Illumina의 genome analyzer ^^(출처: Grid Engine Blog)

이전에도 언급했지만, 이제 생물학 분야에서는 대용량의 데이터는 뗄래야 뗄수 없게 되었고, 그 중심에는 클러스터나 그리드와 같은 대용량의 컴퓨팅 파워는 필수적이 되었다. 또한 이러한 대용량 컴퓨터의 리소스를 효과적으로 활용하기 위한 DRM의 중요성 또한 다시 한번 생각해 보게 된다.

^^이게 다 금요일의 논문 덕택이군,,,


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