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아시다시피 중국은 BGI를 통해 시퀀싱 부분에서 타의 추종을 불허하고 있다. 더군다나 시퀀싱 장비면에서도 미국의 complete genomics를 인수까지 하게 되었다. 그나마 한편으로 데이터 분석 부분에서는 3년전 DNANexus와 Seven Bridge Genomics와 같은 클라우드 기반의 Easy Genomics 서비스를 내놓았지만 제대로 워킹하는 것을 본적이 없다. 이제 내공이 쌓였을까? 


중국 WuXi PharmaTech의 거침없는 Bioinformatics를 향한 걸음

2000년 설립된 중국 우시(Wuxi AppTech)는 직원수 9,000명 매출 1조에 이르는 CRO(Contract Research Organization, 임상시험 대행 기관)로 단순한 CRO라기 보다는 헬스케어 연구 개발 전반에 이르는 토털 솔루션을 제공하고 있다. 이런 우시는 얼마전 NextCODE를 인수했는데 NextCODE는 이름에서 풍기듯이 deCODE genetics의 기술을 바탕으로 유전체 데이터를 빅데이터 관점에서 문제를 해결하는 솔루션을 제공하는 업체였다


WuxiNextCODE


이뿐만 아니라 몇일전 우시는 DNAnexus와의 제휴를 통해 NextCDOE의 유전체 데이터베이스 모델과 DNANexus의 클라우드 서비스를 통해 임상 및 연구 인터페이스를 하나의 플랫폼을 통해 전세계의 연구자들과 함께 저장하고 데이터를 분석할 수 있게 되었다. CRO의 입장에서 글로벌 제약, 바이오, 의료 기기 산업에서 원활하게 유전체 데이터를 사용할 수 있는 단일 플랫폼을 제공할 수 있게 된 것이다. 현재 유전체는 동반진단에서 약물발견에 개발에 이르기까지 다양하게 활용되고 있다. 이에 CLIA 수준에서 클라우드를 통해 모두를 연결함으로서 유전체를 사용하는 임상의, 기관 및 생명과학 회사들이 환자들에게 이익을 줄 수 있도록 유전체 정보를 사용할 수 있게 된 것이다.

BGI의 지난 3년간의 결실? BGI Online 클라우드

몇년전 BGI는 EasyGenomics라는 클라우드 기반의 유전체 분석 서비스를 내놓았지만, 어떤 이유에서인지 제대로 운영하질 않았다. 그런데 오늘 바로 BGI Online이라는 서비스를 다시 내놓았으니 홍콩의 L3 Bioinforatmics와 함께 ELSA가 포함되어 있다. 50X의 whole genome을 4시간 200X의 whole exome을 10분안에 완료하는 성능을 가졌다고 한다. 뿐만 아니라 L3의 database.bio와 complete genomics의 GenomeVoyager와 호환된다고 한다. 그동안 BGI는 홍콩의 L3나 Complete Genomics 등의 외부? 파트너와의 진짜 서비스를 내놓기 위해 뜸을 들였나 보다.


BGI의 클라우드기반 분석 서비스 BGI Online


그동안 genome 분석은 reserch 시장에서 머물렀지만, 이제 제약이나 바이오의 다양한 분야로 확장되면서 다시 한번 클라우드 기반의 유전체 분석이 주목을 받기 시작하는 것은 아닐까라는 생각을 해본다.


추가, Broad의 GATK에 대한 Appistry와의 라이센스 종료

그동안 GATK의 라잉센스가 Appistry에서 관리되었는데 이제 올해 4월 15일 계약이 만료되면서 라이센스가 다시 Broad 연구소로 전환되었다. 학업 및 비영리인 경우 기존 그대로 이지만 상업적인 라이센스의 경우 이제 Broad가 직접 관리하게 된다. 그동안 Appistry가 관리하면서 이런저런 불만이 많았었는데 이제 직접 라이센스를 관리하면서 라이센스 및 가격에 관한 투명성을 확보하는 한편 연구자들이 GATK를 이용한 파이프라인을 개발하고 이를 연구자들에게 제공하는(예를 들어 도커 이미지와 같은) 것에 대해서도 문을 열어놓는 분위기다. 그동안 Galaxy등에서는 GATK Lite 버전이나 혹은 사용자가 직접 GATK라이센스를 획득하여 직접 설치하도록 하는 방법이었는데 이제 그런면에서도 어느정도 문을 열어 놓았으니 한번 GATK의 행보를 지켜볼 만하겠다.




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