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대규모 이미지 처리를 위한 리눅스 클러스터와 Java의 궁합은??

일전에 저는 MySQL 데이터베이스로 부터 대규모의 이미지를 생성하려고, 윈도우상에서 Java 코드를 작성했습니다. 이 Java 코드는 Frame안에 Panel을 만들고, DB에서 좌표값을 받아와서 이 Panel안에 그림을 그리게 됩니다. 이렇게 만들어진 Java Frame을 통째로 이미지 파일로 만드는 아주 간단한 코드입니다. //Java 프레임을 만듭니다. Frame f = new Frame("Frame"); f.setBounds(0, 0, 400, 400); f.setTitle("Component Testing"); //노란색 패널을 만듭니다. JPanel BasePanel = new JPanel(); BasePanel.setLayout(null); BasePanel.setBounds(0, 0, 4..

Linux 2008.04.21

BioBlogRSS 방문자 통계 정보

BioBlogRSS의 통계 정보를 공개합니다. 공개하는 의미는 뭐 궁금해 하실까봐??? ^^;; 이런 정보를 통해 좀 더 여러분들의 사랑을 구하는 구애 활동이라고 할 수 있겠습니다. :) 간단하게 살펴보면 매일 200명 이상은 방문하고 있습니다. 뭐 실제 방문자는 여기의 몇 %를 차지하는지는 모르겠지만,,, 여기서 방문자 활동 정보가 매우 재미있는데요,, 조회율이 약 6%로 대부분 제목들만 보시고 실제 해당 블로그는 가보지 않는다는 그런 의미겠죠. 그렇다면 좀 더 블로그의 글을 적극적으로 소개하는 방법으로 비누인형님이 잠깐 언급하셨던(댓글에서,,) 올블로그의 티페이퍼와 같이 BioBlogRSS의 글을 주 또는 월 단위로 뽑아서 간단히 소개하는 형식을 통해 좀 더 좋은 글들을 알리 수 있지 않을까라는 생각..

blogging 2008.04.18

Drug Discovery and Developement 후기?

어제 저녁 11시부터 Drug Discovery and Developement 가 시작되었다. 첫째날인 어제는 Drug Discovery라는 주제라기 보다는 요즘 많이 회자되고 있는 Grid, e-Science, 협업, High Performance Computing의 주제로 일전에 분자설계연구소에서 개최한 Virtual Laboratory based on GRID Tech와 엇비슷?한 주제였다. 내가 듣고 싶었던 세션은 mpiBLAST를 만든 Wu Feng 교수의 Parallel Sequence Search with mpiBLAST였는데,, 그만 그전에 잠이 들어버렸다. 이런, 이거 들을려고 그렇게 안자고 있었건만,, ㅜㅜ 그건 그렇고 요즘 왜 이렇게 Grid기반(High Performance Comp..

blogging 2008.04.17

이런 책도 나왔군요,, 재미있겠는데

국내 번역서 제목은 "집단지성 프로그래밍" 원서 제목은 "Programming Collective Intelligence: Building Smart Web 2.0 Applications" 제목은 우선 접어두고, 한빛미디어의 새로운 번역서인데, 30일날 나온다는군요. 제목만 보고서는 자바스크립트나 Ajax 뭐 이런것들 나오겠거니 했는데 목차를 보니 이건 제 생각이 빗나가 버렸습니다. Programming Collective Intelligence: Building Smart Web 2.0 Applications 잠깐 주요 목차(낚시성 목차?? ^^)를 보시면, K-Means ClusteringNetwork VisualizationTraining the ClassifierTraining the TreeUn..

book story 2008.04.16

아이폰에서 fring을 이용한 전화통화

드디어 아이폰용 fring이 나왔습니다. 이전까지 SIP-VoIP를 이용한 인터넷 전화는 마이크가 작동하지 않아서 상대방에게 음성을 전달하지 못했는데,, fring에서는 완벽하게 상대방과 통화가 가능해졌습니다. fring의 설치는 여기를 참고 하시면 됩니다. ^^; 조금있다가 회의가 있어서,, 짧게 점심시간에 찍은 동영상 올립니다. MSN을 이용한 문자 및 음성 가능합니다.SIP를 지원하는 imtel의 서비스를 이용한 전화 가능합니다. Skype는 아직 테스트 하지 못했습니다. 테스트 완료했습니다. Skype Out을 통해 구매한 크레딧으로 전화 통화 해봤습니다. imtel과 Skype 통화품질은 글쎄 잘 모르겠네요. ^^;; Skype의 경우 +82와 같이 +와 국가번호를 붙여야 합니다. 국내의 경우 ..

blogging 2008.04.16

BioStar 1.0 버전을 공개합니다.

BioStar 1.0 버전을 공개합니다. 이 프로그램은 바이오인포매틱스와 관련된 거의 모든 일을 할 수 있는 프로그램입니다. 특징으로는 작은 크기와 커맨드라인 기반의 사용이 간편하기 때문에 초보자도 쉽게 사용이 가능하다는 것입니다. 프로그램다운로드 개인적으로 오랫동안 이 프로그램을 개발해 왔으며, 현재 Taverna를 비롯한 다양한 워크플로우와 연계되어 사용될 수 있도록 작업 중에 있습니다. 많은 분들에게 유용한 프로그램이 되었으면 좋겠습니다. 여기 lordmiss님이 저와 유사한 프로그램을 만드셨습니다. 화학정보학 프로그램으로 기능상으로는 제가 만든것 보다 훨씬 나아 보입니다. 참고 하시는것도 좋을것입니다. ^^

blogging 2008.04.15

당신의 실험 데이터가 논병아리에

당신의 소중한 데이터와 결과를 논병아리에 보관하시겠습니까?? 논병아리 어미와 새끼 (자료 출처 : http://www.flickr.com/photos/narkosearzt/253071046/) Bio::Blogs #8 의 Reviews and tips에도 소개되었던 Bioinformatics Zen의 organized as a dry lab scientist의 내용은 요즘 회자되고 있는 Electronic Lab Note나 단순히 야동을 긁어 모으는 사람이나 모두에게 한번 생각해 볼 문제이다. 누구나 다 자신만의 방법으로 폴더나 파일을 만들고 데이터를 저장하는데 있어 어떠한 것이 최선이고 모범답안이라고 할 수는 없겠지만, 이러한 것들이 유용함에도 불구하고 논병아리에 아무 의미있는 Noname1, Nona..

Bioblogs 2008.04.15

Drug Discovery and Development 컨퍼런스에 초대합니다.

아침마다 하는 일이지만,,, 바쁘면 살짝 빼먹기도 하지만,, BioBlogRSS에 최신글들의 제목을 보다가 Life Science Virtual Conference and Expo 라는 제목의 글을 보고 바로 클릭 요즘 V로 시작하는 단어(Virtual, Visual)만 보면 나도 모르게 마우스가 스르륵,,, IBM의 Deep Computing에서 주최하는 컨퍼런스(Life Sciences Virtual Conference and Expo)인데 재미있는 것이 Location: Virtual 입니다. 단순한 웹 세미나가 아니라는군요 전시 부스도 있고 ㅋㅋㅋ Agenda를 보니 꽤 재미있는 세션이 많이 있네요^^ 바로 등록 신청했습니다. IBM의 Deep Computing(슈퍼컴 파는곳??)에서 주최하는 것..

Bioblogs 2008.04.15

정보를 효율적으로 인식하기 좋게 표현하기

우선 정보나 데이터를 구분해서 사용하기도 하지만(정보는 "뜻을 가지는 데이터"라고 하여 구정보와 데이터를 구분하기도 한다) 여기서는 그냥 구분짓지 않는다. ^^;; 데이터(정보)의 시각화(Visualization)는 정보나 데이터를 효율적으로, 직관적으로 이해(intuitive understanding)할 수 있게 표현하는 방법이다. 이러한 시각화는 우리가 인지하지 못하지만 많은 분야에서 사용되고 있다. Bio* 관련 논문들을 보면 visualization이라는 단어가 들어가는 논문들을 심심치 않게 볼 수 있다. 리눅스 커널 시각화 다음의 그림은 리눅스의 커널을 시각화한 것으로 각각의 색상은 다음을 나타낸다. 이그림 한장으로 복잡하고 거대한 리눅스의 커널을 한눈에 쉽게 볼 수 있다. 소스 파일과 헤더 파..

blogging 2008.04.14