biopipe 17

생물학 관련 워크플로우 관리 도구

Workflow Management System이란? The software component taht "defines, manages and executes worflows through the execution of sotware whose order of execution is driven by a computer representation of wht workflow logic", according to Workflow Managenemt Coalition(WfMC) Reference Model, is named Workflow Management System(WMS). 바이오인포매틱스와 WMS 바이오인포매틱스에서도 Workflow Management System과 것들이 이미 개발되어 biosc..

Bioblogs 2007.12.03

이젠 Biopipe를 사용하시려면 biocommunity.kr로

현재 biopipe.net 사이트는 접속이 불가능하고 http://biocommunity.kr/로 이동하셔서 다시 가입하면 Biopipe를 사용하실 수가 있네요 ^^;; 아직 공식적으로 오픈한건 아닌데 지금 사용해도 괜찮은것 같습니다. 재미있는것은 Biopipe에서 사용 가능한 서비스를 제공하는 곳을 구글맵을 통해서 보여준다는 것입니다. 따라서, 자신이 만든 워크플로우의 흐름의 구글맵을 통해서 확인할 수 있다는 거죠. 참 재미난 기능을 추가 한것같습니다. 혼자 워크플로우 창에 서비스 가져다 놓으면서 어디서 제공하는건가 보고 있습니다. ^^;; 그외에도 여러가지 부분에서 조그마한 변화들이 보이네요. 지금 서비스는 영국과 일본 미국에서 제공하는 것들로 이루어져 있네요 ^^

Biopipe 2007.11.29

Bioworks 시나리오 공모

오늘이 Bioworks 시나리오 공모 마지막 날이었습니다. 후기 작성하느라 시간 보내고 시나리오 작성하느라 시간 보내고 막상 당일 닥쳐서 급하게 만드느라 아이디어는 없고 역시나 한계입니다. 우선 작성해서 제출했다는 것에 의의를 두고 있습니다. 제출하고 참여한다는 것만으로도 Bioworks를 비롯한 국내 연구자들에게 어떠한 힘이될거라는 생각입니다. ^^;; 부디 많은 분들이 참여하고 움직였으면 하는 바램입니다. 이런 기회를 통해 좀더 국내 연구자들의 적극적인 행동이 이끌어졌으면 하는데... 근데 요즘 Biopipe는 홈페이지도 들어가지지 않고 아무런 반응이 없네요. 그냥 스윽 하고 없어져 버리진 않을텐데... 사용자들에게 어떠한 방법으로든 진행사항이 있었으면 하는 아쉬움이 남네요. Bioworks나 Bio..

Bioworks 2007.11.28

국제적 협력?? ^^;;

http://www.myexperiment.org 에 올려 놓은 워크플로우를 보고 한 외국인이 몇 가지 질문을 해왔네요 ^^;; 질문을 잘 못알아 들어서(나는 분명히 local java service를 사용하지 않았는데...암튼) 그냥 감으로 "이걸 물어봤겠지"하고 답변을 해주었는데, 다음과 같이 답변이 왔네요 ^^ Hi, yes, It's what I want. Thanks you so much. Best, 국내의 Biopipe나 Bioworks를 사용하면서도 이런 질문들이 오가는 날이 오겠죠 ^^. 어서 빨리 그런날이 오기를 바라면서...

blogging 2007.11.26

Bioinformatics 분야에 e-Science 꽃이 활짝 피었습니다.

영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..

Bioblogs 2007.11.06

Taverna 플러그인 만들기

요즘 Taverna 플러그인 만들기에 푹 빠져 있습니다. 그냥 재미있을것 같다는 생각으로 시작했는데 이놈의 플러그인을 만드려니깐 Taverna의 전체적인 구조를 알아야 했습니다. 덕분에 Taverna의 구조까지 대충 알게 되어버렸으니..ㅋㅋㅋ eclipse의 경우 플러그인을 만드는 책까지 나와 있는 판에 Taverna는 맨땅(물론 문서화는 잘되어있지만 ^^;;)에 헤딩하면서 꾸역꾸역 만들었습니다. 요놈 보면 볼수록 잘 설계되고 잘 만들어졌다는 생각이 듭니다. 그러나 Biopipe는 어떻게 되어 가고 있는건지 매주 아니 매월 Biopipe 소식지 같은거라도 만들어서 배포했으면 좋으려만 어떻게 되어 가는지 궁금해요!! 갑자기 삼천포로 빠져 버렸네,,, 간단하게 Taverna는 SPI(Service Provi..

howto 2007.11.02

Biopipe를 실제 사용하면서

Taverna를 통해서는 주어진 문제를 모두 풀었지만, Biopipe를 가지고는 아직도 문제를 풀고 있습니다. 아니 문제를 푼다기 보다는 모듈 또는 어답터를 요청하고만 있습니다. 앞으로 실제 사용하는 사용자들도 이러한 어답터나 자신이 원하는 모듈에 대한 제작 의뢰를 KOBIC에 하게 될텐데요. 지금까지 KOBIC의 대응에 대해서 몇가지 짚고 넘어가야 할 부분이 있어서 이렇게... 우선 칭찬은 아님니다. ^^;; 너무 수고 하시는데 죄송합니다. Biopipe의 최대강점은 앞선 포스팅에서도 언급했듯이 모듈의 제작과 어답터 지원이라고 할 수 있다. 향후 어답터 부분은 시맨틱웹을 통해서 온톨로지 기반으로 지능을 추가하여 사용자가 일일이 어답터에 대한 신경을 쓰지 않고서도 지능이 내장된 시스템을 통해 어느 정도의..

Biopipe 2007.09.12

KOBIC BioPipe 교육 참석 후기

9월 3일 Biopipe 교육이 숭실대학교에서 있었습니다. 1시부터 교육이 시작이었는데, 날씨가 무척이나 더웠습니다. 숭실대에 도착하니 시간이 시간인지라 더위에 헥헥대면서 벤처관을 찾았습니다. 12시50분쯤 도착했을 때에는 몇몇분이 강의실에 앉아 계셨습니다. 두리번 두리번 어 맞게 찾아왔나~ 촌놈마냥 두리번 거리자 한분이 홍창범씨 맞으시죠.. 블로그의 제 모습을 보고 KOBIC의 김태형씨가 인사를 먼저 건네셨습니다. ^^;; 온라인 상으로 한번 대화를 했을 뿐인데 공통의 관심사를 갖고 있어서인지 낯설지가 않았습니다. 총 3분이 KOBIC에서 나오셨는데, 김태형씨, 권제근씨, 그리고 한분은 멋지게 생기셨는데 이름이 가물가물 죄송합니다. 첫번째 교육은 biopipe와 관련되어 전반적인 내용을 김태형씨가 맏아..

Biopipe 2007.09.04