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게놈 구멍(CNV) 찾기

게놈과 관련된 글들을 올리고 있는 'genome unzipped'에서는 총 12명의 저자들이 글을 올리고 있으며 이들은 이분야에 좀 관심만 있다면 한번쯤은 이름을 들어본 사람들로 구성되어 있다. 그런데 이들이 얼마전 자신의 게놈을 공개해버렸다. 말 그대로 자신들의 게놈을 unzip해 버린것이다. 데이터가 공개되자 이들은 공개된 데이터에 대해서 이런 저런 분석, 윤리적인 면들에 대해 블로그를 작성하고 있는데, 오늘은 여러가지 분석중에서 블로그 저장중 한명인 Conrad가 자신과 자신의 부모의 게놈을 분석한 이야기를 해보려고 한다. 유전자 복제수 변이 (Copy Number Variation, CNV) 얼마전 헬스로그의 최신연구동향에 "ADHD는 환경적인 문제만으로 발생하지 않는다"라는 란셋 논문에서 간단히..

한국인 유전체 복제수 변이 정보 시각화

HMG에 한국인의 CNV 발굴에 대한 논문(Copy number variations in East-Asian population and their evolutionary and functional implications)이 나왔습니다. 뉴스 기사에도 언급이 되어 있습니다. 논문의 내용을 그동안 전세계적으로 유전체 복제수 변이 데이터를 모아 놓은 DGV 데이터베이스에 추가해서 한국인의 정보와 외국의 데이터를 같이 함께 볼 수 있도록 만들었습니다. 1. 우선 DGV 데이터베이스에 접속합니다. http://projects.tcag.ca/cgi-bin/variation/gbrowse/hg18/ 2. 접속하면 중간 부분에 All CNVs라는 트랙이 있습니다. 트랙에는 기존에 연구결과 발굴된 CNV(유전체 복제수 ..

Genome Browser 진행 상황

만들어봐야겠다라고 생각하고 시작한지로부터 이제 거의 3주가 다 되어가네요 ^^;; 우선 오늘 추가된 부분은 제 블로그의 왼쪽 상단에 PAGES 부분에 Genome Browser Dev라는 링크를 만들었구요, Browser의 정보를 보여주는 왼쪽 상단의 붉은 박스의 내용을 좀 수정했습니다. 기본적으로 CSS에서 맑은 고딕 폰트를 보여주도록 바꾸었습니다. 줌인과 아웃시에 enableContinuousZoom() 메소드를 추가해서 부드럽게 줌 인/아웃이 되도록 했습니다. 현재 보여주는 정보는 1번 Chromosome의 첫부분 약 400,000bp 정도이며, CNV 정보를 보여주고 있습니다. 해당 CNV 정보는 Database of Genomic Variants의 정보를 기반으로 하고 있습니다. 이상!!!!

Bioblogs 2008.02.28