genome browser 12

개인용 Genome 브라우저

(맞춤형 개인 의료, 개인 Genome 서비스, Google Health, 23andMe) 논문에서나 볼 수 있는 내용들이 점점 나(개인)에게 실질적으로 다가오고 있다. 이런 상황에서 자신의 Genome 정보를 시각화하고 다른 정보와 결합해서 보여주는 Genome Browser 또한 개인(연구용이라기 보다 좀 아는 일반인)에게 맞추어져야 할것이다. 제임스 왓슨 박사의 개인 Genome 브라우저 - 이런건 일반인에게 필요 없지,,, 만약 23andMe에서 Ensembl이나 UCSC Genome Browser에 개인의 정보를 추가해서 보여준다면 일반인들은 질색을 할 것이다. 그럼 개인의 입장에서 한번 살펴보자. 나는 나의 Genome 정보를 가지고 있다. 그럼 이것만 가지고는 그 어떤 정보도 찾을 수가 없다..

Genome Browser - 미흡한 기능들 추가

데이터베이스에서 정보를 읽어와 그림파일(Google Map의 Tile)로 저장하는 기능은 완료된 상태이다. 이제부터는 자신이 원하는 정보를 보여주기 위한 세세한 기능들을 추가하는 기능을 하나씩 만들어 가고 있다. 여기서 잠깐 기본적으로 미흡하나마 지금까지 추가된 기능들을 하나씩 소개하는 시간을 가지도록 하겠다. ^^ 주메뉴 살펴보기 주메뉴의 모습 View Data by Chromosome Genome Browser는 chromosome 하나씩 보여줄 수 있기 때문에 자신이 원하는 chromosome을 Select Box를 통해서 선택할 수 있다. 또한 자신이 원하는 chromosome의 특정 영역으로 빠르게 소환(?)할 수 있도록 [genome-wide view]를 선택하면 아래 그림과 같은 창이 뜨고 ..

Bioblogs 2008.03.03

Genome Browser 진행 상황

만들어봐야겠다라고 생각하고 시작한지로부터 이제 거의 3주가 다 되어가네요 ^^;; 우선 오늘 추가된 부분은 제 블로그의 왼쪽 상단에 PAGES 부분에 Genome Browser Dev라는 링크를 만들었구요, Browser의 정보를 보여주는 왼쪽 상단의 붉은 박스의 내용을 좀 수정했습니다. 기본적으로 CSS에서 맑은 고딕 폰트를 보여주도록 바꾸었습니다. 줌인과 아웃시에 enableContinuousZoom() 메소드를 추가해서 부드럽게 줌 인/아웃이 되도록 했습니다. 현재 보여주는 정보는 1번 Chromosome의 첫부분 약 400,000bp 정도이며, CNV 정보를 보여주고 있습니다. 해당 CNV 정보는 Database of Genomic Variants의 정보를 기반으로 하고 있습니다. 이상!!!!

Bioblogs 2008.02.28

익숙한것에 익숙해져 버리다.

Genome Browser를 만들면서 한가지 고민에 빠지게 되었다. 이걸 왜 만들고 있는지에 대한 원초적인 질문에 답을 찾지 못하고 있다는 것이다. 왜 이걸 지금에야 생각하고 있는건지... 그동안 생물학자들은 여러가지 Genome Browser를 사용하고 있었지만, 그 생김새나 기능들은 그닥 큰 차이가 없기 때문에 별 어려움이 없이 사용하고 있다. 좀 불편하더라도 그 불편함을 모르고 그냥... 거기에다가 GMOD(Generic Model Organism Database project)에서도 GBrowse라는 브라우저를 제공하고 있다. 아마 이 브라우저가 가장 보편적인 Genome Browser의 표준(?)일 것이다. 그런데 이러한 기존 방식의 Genome Browser가 아닌 Google Map API를..

Bioblogs 2008.02.27

Java 사용자 정의 Component 만들기

이전 포스팅에서 총 3개의 Java Panel 만들고 Panel 자체를 이미지로 출력해서 Google Maps API에서 사용할 Custom Map Tile에 사용하기로 했다. 문제는 Sense Panel과 AntiSense Panel에 Genome 정보(SNP, CNV, Exon, Intron 등등등등)를 어떻게 표시할것인가?에 대한 것이다. 그전에 그러면 Bioinformatics에서 위의 정보들을 보여주기 위해서 사용하는 그래픽은 어떠한 것들이 있는지 간단히 살펴보자. BioRuby의 다양한 생물 정보 표시 그래프?? 위의 그림들은 흔히 우리가 Genome Browser에서 보는 표시형식들이다. box, line, line with handles, directed, directed box, tria..

java-programming 2008.02.16

Java JPanel을 이용한 이미지 출력 - Genome Browser 만들기 2

이제 해야 할 일은 이미지를 만드는 작업이다. 지금 만들 Genome Browser의 경우 위의 그림처럼 3개의 부분으로 나누어 생각해 볼 수 있다. 2번 부분은 chromosome의 위치를 보여주는 눈금자가 위치할 부분이고 이 눈금자(2번, Scale)를 기준으로 윗부분(1번, Sense)과 아랫부분(3번, Antisense)에 실제 유용한 정보들(SNP정보 등등)이 보여지게 된다. 여기에서는 Java를 이용하여 그림파일을 생성할 것이다. Java에서 이미지를 생성하고 이를 파일로 얻는 방법은 다음과 같다. 1. BufferedImage를 생성한다. 2. 위의 생성된 버퍼로 부터 Graphics 객체를 얻는다. 3. Graphics 객체에다가 마구 마구 그린다. drawLine(), fillRect()..

java-programming 2008.02.14

Genome Browser 만들기 시작~

google maps api를 이용한 Genome Browser 입니다. 현재까지는 1번 염색체의 줌레벨도 1단계만 지원하고 있습니다. 수많은 눈금들은 dbsnp에서 snp정보를 읽어와 염색체 위에다가 표시한 것입니다. 이제 확대할 경우 좀더 자세히 볼 수 있겠죠 ^^;; 클릭하면 해당 snp의 정보도 보여줄 예정입니다. 이거 막상하다 보니깐 여기저기 고려해야 할것들이 너무 많네요 ^^;;

Bioblogs 2008.02.05

Google Map을 활용한 Bioinformatics 매시업 - X:Map

예전에 작년 5월 달이네요,, Bioinformatics와 웹 2.0이라는 주제를 가지고 글을 쓴적이 있었습니다. 저는 이글에서 Genome Browser를 만드는데 있어서 API를 제공하자는 뭐 그런류의 글이었는데 이것을 구현한 논문이 나와 있더군요,, 제가 생각한것과 조금 틀린점은 이들은 새로운 API를 만들어서 제공하는것이 아니라 Google Maps를 이용한 매시업을 통해서 Browser를 만들었다는 것이죠. 뭐 만들자는거나 만든어진거 가져다 쓰는거나.. ^^;; 어쨌든 Bioinformatics와 매시업의 만남이라는게 키포인트였으니 이건 서로 일맥상통합니다. ㅋㅋㅋ 영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization..

blogging 2008.01.30