클러스터 5

스케줄러 - 기본으로 돌아가기

퇴근 시간을 5분 남겨 놓고 요상한 논문 하나를 소개? 받았다. "Application of the Linux cluster for exhaustive window haplotype analysis using the FBAT and Unphased programs" 라는 다소 장문의 제목을 가진 논문이었다. 대량으로 쏟아지는 생물학 데이터를 이용한 연구에서 고성능 컴퓨팅 파워의 필요성은 누구나다 인지하고 있는 주요 관심사이다. 저자는 불행히도 생물학 통계 패키지(소프트웨어)들이 대부분 병렬화 되어 있지 않고 또한 병렬화 하더라도 새로운 코드를 신뢰할 테스트도 필요할 뿐더러, 병렬화가 누구네 집 똥개 이름도 아니기에, 이를 우회하여 고성능의 컴퓨팅 파워를 얻기 위해 리눅스 클러스터에서 큐잉 시스템을을 이용..

blogging 2008.07.04

리눅스 클러스터로는 무슨 일을 하시는가요??

앞선 Bio::Blog #19에 대한 비누인형님의 글에서와 같이 "(중략) 이러한 Emergent 한 특징은 그 자체로는 우아하기 그지없지만, Engineering 이라는 목적에 있어서는 어마어마한 장애물로 나타나게 된다. 분명 각 부속품들의 동작은 이해하고 있지만, 그것들을 모아두었을 때 어떻게 움직이게 될 것인지는 알 방법이 묘연하기 때문이다.(중략) 이러한 어마어마한 장애물을 풀어헤치는데 있어서 중요한 것이 바로 simple, abstraction...(

Linux-cluster 2008.03.10

아직은 쓸만한 클러스터시스템

한반도기후예측, 신약후보물질탐색, 유전체서열비교에 나오는 데이터는 평균값이 아니라 제일 높은 성능을 낸 날을 선택하였다. 국립보건연구원의 94노드 클러스터의 성능(362Gflops)은 대략적으로 신약후보물질탐색 프로젝트와 같은 성능을 내고 있다. 네티즌들 250명의 참여가 국립보건연구원 클러스터의 성능과 비슷하다고 보면 될듯(??) 유전체서열비교에서 보듯 참여가 많으면 많을수록 성능이 올라가지만,, 우리의 클러스터는(94노드의 362Gflops로) 한계가 딱 정해져 있다는것!!! 물론 요번에 튜닝작업을 거쳐서 실제성능의 향상이 이루어졌다. 이는 튜닝 작업 전의 데이터를 기준으로 작성됨 전반적으로 아직까지는 Korea@Home에 프로젝트를 건의하는것보다는 그냥 우리 시스템으로 돌리는것이 더 빠를 수 있다는..

Linux-cluster 2008.03.06

Linux cluster book

얼마전 강컴에 들렀다가 리눅스 클러스터에 대한 책을 한권 보게 되었다. 어쨌건 이쪽 일을 하다보니 너무 반가웠다. 언젠가 한번쯤 꼭 내손으로 책을 내고싶었는데.. ^^;; 당장 교보문고로 향하여 책을 보았다. 리눅스 & 윈도우 클러스터로 도전하는 슈퍼컴퓨터 구축과 활용 저자 : 신창균 출판사 : 혜지원 리눅스만이 아니라 윈도우 환경에서의 클러스터 구축에 대한 내용이 듬뿍 담겨져 있는 책으로 아쉬운 점이라면 개인적으로 편집이 맘에 들지 않는다는점. 자세한건 아직 책을 다 읽어보진 않아 뭐라 할말은 없지만 암튼 반가운 책이다. 그외 리눅스 클러스터 관련책 리눅스 클러스터로 만드는 슈퍼컴퓨터 Building Linux Clusters High Performance Linux Clusters with OSCAR..

book story 2006.03.21