Bioclipse: an open source workbench for chemo-and bioinformatics

Bioclipse: an open source workbench for chemo-and bioinformatics

요약
Background: 화학-바이오인포매틱스(chemo- and bioinformatics) 연구에 필요한 단일의 워크벤치(singel workbench)로부터 소프트웨어 어플리케이션이 필요하다. 상업 패키지(commercial packages)의 경우 비용과 소스의 비공개(closed source) 문제가 있다. 따라서 알고리즘을 교체(modify algorithms)하거나 기능(custom functionality)을 추가하는데 문제가 있다. 본 오픈소스 프로젝트(existing open source projects)는 사용하기 쉬운 인터페이스(user-friendly) 보다 독립되어 설치된 바이오인포매틱스 패키지를 통합을 위한 프레임워크에 초점이 맞추어 있다. 이전에 개발된 오픈 소스의 chemoinformatics 워크벤치는 chemo-와 바이오인포매틱스를 하나의 프레임워크로 완벽하게 결합시지 못했다.

Result: Bioclipse는 분자(molecules), 단백질(proteins), 서열(sequence), 분광(spectra), 스크립트와 같은 화학- 바이오인포매틱스 리소스를 위한 워크벤치이다. Bioclipse는 2D-편집, 3D-시각화, 파일 포맷 변경, 화학적 속성 계산, 그 외 다 수의 기능을 제공한다. 편집시 자르기, 붙이기, 드래그 앤 드롭, 되돌리기, 다시실행 같은 표준 편집 기능을 제공한다. Bioclipse는 자바와 Eclipse Rich Client Platform의 최고의 플러그인 아키텍처를 기반으로 만들어졌다. Bioclipse는 원하는 방향으로 손쉽게 확장 가능하다는 장점이 있다.

Conclusion: Bioclipse는 바이오- chemoinformatics를 위한 강력한 워크벤치이다. 풍부한 기능, 직관적인 사용자 인터페이스, 강력한 플러그인 아키텍처는 Bioclipse를 chemo- 바이오인포매틱스를 위한 가장 진보적이고 사용하기 쉬운 오픈 소스 워크벤치로 만들었다. Bioclipse는 외부 플러그인에 대한 제약이 없는 Eclipse Public License(EPL)의 오픈 소스 라이선스를 가지고 있다.

Backuground

Implementation
  Architecture
  Object model
  User interface

Result and discussion
  Features
    Chmoinformatics
    Bioinformatics
    Web services
    Spectrum analysis
    Scripting
    Sample data

Conclusion
  Bioclipse as workbench
  Bioclipse as integration framework
  Bioclipse as development envronment
  Bioclipse as deployment platform
  Future developemnt