Google Map을 활용한 Bioinformatics 매시업 - X:Map

예전에 작년 5월 달이네요,, Bioinformatics와 웹 2.0이라는 주제를 가지고 글을 쓴적이 있었습니다. 저는 이글에서 Genome Browser를 만드는데 있어서 API를 제공하자는 뭐 그런류의 글이었는데 이것을 구현한 논문이 나와 있더군요,, 제가 생각한것과 조금 틀린점은 이들은 새로운 API를 만들어서 제공하는것이 아니라 Google Maps를 이용한 매시업을 통해서 Browser를 만들었다는 것이죠. 뭐 만들자는거나 만든어진거 가져다 쓰는거나.. ^^;; 어쨌든 Bioinformatics와 매시업의 만남이라는게 키포인트였으니 이건 서로 일맥상통합니다. ㅋㅋㅋ

영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization of genome structure for Affymetrix exon array analysis 라는 논문입니다. 2007년 9월에 Accept된 논문이니까 제 글이 좀더 앞섰죠 ^^ 이논문에서는 가장 눈길을 끄는것이 바로 Google Map API를 통해서 Genome Browser를 만든것입니다.

우선 X:Map Genome Browser의 모습입니다. 상단 부분을 보시면 아시겠지만 바로 구글맵의 지도 정보 대신 Human Chr을 보여주고 있습니다. 구글맵처럼 확대/축소/이동이 자유롭습니다. 어떻게 지도정보 대신 이런 생각을 했는지... 첫번째 놀람



여기서 잠깐 구글맵을 이용해서 지도 정보 대신 다른 정보를 보여주는것이 지도로 보는 와우세상으로 google api를 이용하여 월드 오브 워크래프트 RPG게임지도를 제작해서 보여주는것이 있습니다. 그런데 genome 정보를 보여주다니 ^^ 두번째 감탄



다시 본론으로 돌아와서 기본적으로 Ensembl 데이터와 기타데이터를 Bioconductor 패키지를 이용해서 지도정보 아니 genome 정보가 있는 그림조각들을 생성합니다. 모두 11대의 리눅스 서버를 이용해서 3일 동안이나 만들었다는군요. 각 줌레벨에 따라서 만들다 보니 모두 52GB의 이미지 데이터가 생성되었답니다.

나는 왜 새롭게 만들생각만하고 있었는지 왜 저런 생각을 못했는지 이게 한계인가??라는 생각보다는 점점 이렇게 open api를 통한 Bioinformatics 소프트웨어의 등장이 그저 반갑기만 할 뿐입니다.

그럼 이제 남은 일은 저도 snp 데이터를 가지고 한번 만들어봐야겠습니다. 뚝딱 기대하세요 ^^