유전자정보분석

게임기가 생각나는 NGS 시퀀서

hongiiv 2011. 3. 8. 02:59
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예전에는 갖고 싶었던 것도 많았는데... 그중에 하나가 PSP였다. 휴대용 게임기로 예판때 구입했던 기억이... 그리고 아이폰 역시 잠실운동장에서 줄서서...ㅋㅋㅋ 그런데 꽤 오랫동안 내 마음을 뺏는 stuff가 없었다. 그런데 그만 하나 덜컥 생겨버렸다. 오늘은 내 마음을 사로잡은 요놈을 한번 소개해보려고한다.

큰 놈 하나 작은 놈 하나
NGS 시퀀싱 장비하면 Illumina, Roche, Life Technologies(이하 LT)라는 세 회사가 주름을 잡고 있다. Roche는 타미플루하면 생각나는 기업이겠지만 NGS 장비도 만드는 회사중 하나이다. 요즘 이들 회사에서 밀고 있는 시퀀서 모델은 각각 HiSeq, Genome Sequencer, SOLiD 로 장비 가격만으로도 몇 억원을 호가하는 장비들이다. 얼마전 중국 BGI에서는 HiSeq을 백 여대 구입해서 화제가 되기도 했지만, 국내에서는 기껏 30여대 정도의 NGS 장비가 있다고 알려져있다.

전세계 NGS 장비 분포도(http://pathogenomics,bham.ac.uk/hts) 국내에는 약 30여대가 서울대의학유전체센터(GMI), 마크로젠, 서울대농대(NICEM),가천의대, 생공연에 있다.

그런데, 아래 그림과 같이 이 들 회사들은 하나 같이 한 번에 몇 백Gb의 서열을 생산해내는 장비(몇 억원을 호가하는, 사람 전체 서열을 읽어내는)외에도 100Mb~1Gb의 비교적 적은양을 시퀀싱할 수 있는 꼬마 장비들을 만들고 있다. 각각 MiSeq, GS Junior, Ion torrent PGM (Personal Genome Machine) 이라는 상품명을 가지고 있는데, 이놈들이 주로 목표로 하고 있는것이 바로 인간외의 비교적 게놈 크기가 작은 미생물이나, 인간의 특정 타켓 영역을 시퀀싱하는데에 그 촛점이 맞추어 있다는 것이다. 즉 이제 병원에서도 비교적 싼 가격에 시퀀서를 이용해 질병에 대한 검사에 응용이 가능해 진 것이다. (조만간 보건소에서 보게 될지도... -.-;;) 요즘 많이 하는 엑솜만해도 그 영역만으로 본다면 30Mb 정도이니... 작다고 깐보기에는... 가격도 1억원이 안되는 가격이니...



넌 게임기냐? 시퀀서냐?
그렇다, 위의 그림에서 맨마지막줄 오른쪽에 보이는 Ion Torrent PGM라는 장비가 갖고 싶어졌다. 왜? 아래 Ion의 부분부분 사진을 한번 보시라.... 플스의 네모, 세모, 동그라미, 엑스 (버튼을 어쩜 ^^;; UMD를 넣으면 바로 게임 가능하게 생겨가꼬는...) / 손만 대면 눌러지는 터치스크린 / 가장 맘에 드는건 바로 아이폰 충전기능까지 갖췄다는 것이다. 누가 보더라도 이건 시퀀싱 장비가 아니라 오탁을 위한 종합 선물셋... <-물론 아이폰/팟은 앱을 통해 실험정보를 받아 볼 수 있다고 한다. 병원에서 진료하다가 앱으로 결과 받고,,, 시험실에 나와서 커피 먹고있으면 시퀀싱 다 됐다고 알람해주고... 뭐 그런 기능쯤... 결론은 갖고 ~~

실험실에 게임기 하나 놔드려야겠어요... Ion Torrent PGM 장비
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