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GIW 2011 / BIOINFO 2011 참가 후기

by hongiiv 2011. 12. 8.
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지난 월요일부터 수요일까지 부산 그랜드 호텔에서 GIW 2011/BIOINFO 211 컨퍼런스가 있었습니다. KT도 약간의 후원하게 되었고, 그에 따라 참가하게 되었습니다. 조만간 KT도 멋진 발표를 할날을 기대하며....ㅋㅋㅋ 간단하게 리뷰에 들어가겠습니다.



행사장 전경

KT도 후원했습니다.!!!

Information-based design of drug repositioning and combiniation

김성훈 교수 (서울대학교 약대)
서울대 김성훈 교수님의 발표로 기존 약물의 새로운 기능을 밝히기 위한 자신의 PharmDB에 대한 설명이 있었습니다.

My Samples, My Study, My Sequencing
김경아 (BMS)

일루미나의 국내 총판을 담당하는 BMS의 발표로 일루미나의 HiSeq이 아닌 작은 크기의  MiSeq에 대한 설명이 있었습니다. 임상 분야에 활용될 수 있다는 내용과 (작은크기로), 또한 별도의 컴퓨팅 인프라 없이 일루미나가 제공하는 Base Cloud를 활용하여 데이터를 저장/분석/관리가 가능하다는 이야기가 있었습니다.

Application of new genome anaysis technology
DNALINK

이종은 사장님 대신 다른 분이 발표를 진행하셨구요, 국내 최초로 DNALINK에 들여오는 Single Molecule 기반의 Pac Bio 제품에 대한 설명이 있었습니다. 기본적으로 6~8 kb(참고로 저희는 일루미나 HiSeq 2000으로 90bp)의 긴 read를 읽을 수 있기 때문에 denovo나 variation을 찾는데 좋다는 설명과 아직까지 긴 read이기 때문에 에러도 좀 있기는 하다는 내용과 ngs과 함께 하이브리드 형태로 사용하면 다양한 분야에서 좋은 결과를 얻을 수 있다. 현재 셋팅되어 테스트 중으로 내년 1월부터 서비스가 가능하다는 내용이었습니다.

PacBio RS
DNALINK에 인스톨중인 PacBio RS 장비

IBM Bioinformatics Cloud for Healthcare Industry
문수영 (IBM Korea)

현재 IBM이 글로벌하게 추진하고 있는 클라우드 기반 genome 플랫폼에 대한 설명이 있었습니다. 상품은 Bioinformatics Exchange Cloud로 크게 다음의 3가지로 분류됩니다.
 

1. private: 기관에 직접 클라우드 인프라와 플랫폼을 제공하는 상품 (IBM은 하드웨어, 클라우드 기술 + genome 플랫폼 모두를 가지고 있기 때문에 가능)
2. hosted: 한국 IBM은 인천 송도에 데이터 센터를 운영하고 있고, 여기에 dedicate(아웃소싱) 형태로 관리해주는 형식의 상품
3. public: DNAnexus나 삼성 SDS와 같이 public하게 사용하는 상품

한국 IBM이 생각하는 주력 상품은 2번 형태로 본사의 주도로 마케팅과 체계가 내려오고, 아직까지는 아니지만 한국 IBM도 
Lab 수준의 genome관련 조직을 만들 계획이라고 합니다.

Cancer genomics and epigenomics research on the cloud computing
김선 교수(서울대학교)

얼마전 미국 인디애나 대학교의 교수로 재직하다가 서울대학교로 옮기신 분으로, 미국에서 진행했던 클라우드 기반 암 및 Epigenome 분석 플랫폼에 대한 설명이 있었습니다. 아마존의 EC2 서비스를 이용하여 제공되는 분석 플랫폼(소프트웨어)로 아마존의 이미지(AIM) 형태로 제공하여 쉽게 설치하여 사용 가능하다고 합니다.

Genome-wide map of common and rare variants in Asian population using
massively parallel DNA and RNA sequencing

서정선 교수(서울대학교)
기존에 한국인 whole genome 시퀀싱과 RNA 시퀀싱에 대한 내용이었구요, 뭐 한국인만 가진 유전자 마른귀지, 술먹으면 얼굴벌개지는 유전자 등등 아시아인에서 한중일, 그리고 유럽인에서 다르다 뭐 이런 내용이었습니다.

KISTI
별도의 발표는 없었지만, 지난번 열린 한국 슈퍼컴퓨팅 컨퍼런스에서 발표도 있었고, 이번에 부스 참가 만들었더군요. 3~4년전인가 한창 BioWorks라는 Bioinformatics workflow 관리 도구를 선 보인적이 있는데, 아직까지 꾸준히 이어가고 있었습니다. 예전에는 클러스터 기반이었다면, 이제는 유행에 맞추어 클라우드 기반으로 서비스를 수행하고 있었습니다.

달라진것이라면, 예전에는 KISTI에 별도의 센터로 존재했었지만, 이제는 슈퍼컴퓨팅센터의 하나의 팀으로 존재하고 있더군요. NGS를 비롯한 유전체 연구활성화와 더불어 예전의 영광?을 되찾는 힘을 보여줬으면 하는 바램입니다. 그런데,, BioWorks에 몇년만에 로그인해봤는데,, 제아이디도 그대로 존재하고,,, 서비스도 그대로라는....(실망).... 언뜻 NGS 관련 워크플로우도 작성할 수 있다고 설명했던것 같던데... 제눈엔 옛날 서비스 그대로라는... 제발 좀!!! 분발하셨으면 합니다.

백만년만에 다시 실행해본 Bioworks 옛날 만들어놨던 스크립트도 그대로 ㅋㅋㅋ
 http://ccbb.kisti.re.kr/index.php

 이상 간단 리뷰였습니다! 혹시나 잘못된 부분 있으면 댓글로 지적 부탁드립니다. 예전에 S모사로부터 잘못을 지적 받은적이 있어서. ㅋㅋㅋ
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댓글2

  • Bioworks 개발팀 2011.12.15 14:54


    안녕하세요. 키스티의 Bioworks 개발팀입니다.

    개발 초기부터 Bioworks에 많은 관심을 가져주셔서 늘 감사한 마음입니다.
    Bioworks는 초기버젼에 비해 현재 안정성, 성능 면에서 많은 향상이 있었고 가시화 분석플러그인, 그룹간 협업, 사용자 자료관리, 실행환경 관리 등 많은 기능 들이 추가되어 서비스 되고 있습니다. 그외에도 200가지 이상의 분석도구와 Gene finding, Comparative analysis, Pathway analysis, NGS 관련 SNP, ChIP-Seq, RNA-Seq 분석(추가 예정)등 다양한 샘플 워크플로우를 개발하여 사용자가 직접 활용할 수 있도록 서비스 하고 있습니다.

    초기 베타 서비스에서의 사용자 계정과 데이터는 저희가 삭제하거나 임의로 바꿀 수 없는 것이므로 현재까지 유지되고 있습니다. Bioworks 클라이언트 프로그램은 윈도우 탐색기처럼 사용자 별 작업환경을 제공하기 때문에 오랜만에 Bioworks 클라이언트에 로그인을 하셨다면, 작업환경은 크게 달라 보이지 않으셨을 수도 있을 것입니다.

    얼마나 꼼꼼히 살펴보셨는지는 모르겠습니다만,...그래도 국내에도 Taverna나 Galaxy 같은 공개 생명정보 분석 서비스를 개발하고 운영하는 노력이 필요하다는 생각으로 지금까지 고군분투하고 있는 저희 Bioworks 개발팀 입장에서는 예나 지금이나 별로 달라진게 없다는 말씀은...살짝 힘빠지게 하는군요...ㅎㅎ
    서비스를 제공하는 저희 입장에서는, 사용자의 애정어리 채찍(?)은 달게 받겠습니다. 하지만 공개된 블로그에서 이런 식의 섣부른 재단은 자제해 주시면 고맙겠습니다.

    감사합니다.

    답글

    • hongiiv 2011.12.15 23:42 신고

      꼼꼼히 살펴보지 않아서 언급하신 가시화 분석플러그인, 그룹간 협업, 사용자 자료관리, 실행환경 관리 기능들은 미처 살펴보지 못했습니다. 죄송 합니다. -.-;;
      말씀하신 추가 예정 기능들을 잔뜩 기대했는데, 보이지 않아서 약간 실망했습니다.

      사용자로서 저의 주관적인 기대치가 있었는데 그 부분이 누락되어 좀 과하게 말한 부분이 있었던것 같습니다. ^^;; 추가 예정이니 곧 Bioworks에서 만나 볼 수 있길 기대하고 있겠습니다 ^^;;
      그럼 그때 자세히 Bioworks에 대해서 다시 한번 글을 싣도록하겠습니다.

      제 생각을 적는 곳이라 그냥 제가 그때그때 느끼는 것을 적은 것이니 양해 부탁드립니다.

      그럼 앞으로도 좋은 서비스 기대하겠습니다!!!