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요즘 많은 연구자분들이 genome 관련 데이터를 자신의 연구에 사용하고 계십니다. 이에 따라서 국내에서 많은 교육과정이 생겨나고 꾸준히 진행되고 있습니다. 여기서는 현재 제가 아는 대표적인 과정들을 넣어 놓았으니 참고하시기 바랍니다.
KOBIC 차세대 생명정보 교육 프로그램 (http://education.kobic.re.kr)
KOBIC(국가생명연구자원정보센터)에서는 현재 7회까지 차세대생명정보학 교육이 이루어지고 있는데요. 간간히 NGS 관련 교육이 올라오고 있습니다. 년간 교육계획을 보면 지난해 12월에 이어서 오는 4월에도 NGS 관련 교육이 있을 예정이더군요. WGS (Whole Genome Sequencing), WES (Whole Exome Sequencing), Epi-Genome, RNA-Seq, Small RNA, 미생물 등 다양한 NGS Application의 기본 내용과 실제 분석에 대한 실습으로 강의가 이루어집니다.
동계유전체학회 워크샵 (http://www.kogo.or.kr)
매년 2월에 동계유전학회가 열리는데요. 작년부터 워크샵을 진행하고 있습니다. 작년에는 EBI의 NGS관련 워크샵이 있었구요. 올해도 "NGS data를 이용한 지놈 정보 분석" 워크샵이 진행되었습니다. 제 생각으로 앞으로도 동계유전체학회에서는 생물정보분석교육 워크샵이 매년 이어질듯하네요.
통계유전학 워크샵 (http://www.kogo.or.kr)
매년 여름에 한국유전체학회에서 실시하는 통계유전워크샵(Asian Institute in Statistical Genetics and Genomics)입니다. 여기에서도 작년부터인가 NGS 관련 데이터 분석이 포함되기 시작했습니다.
서울대학교 GDA(Genome Data Analysis) 워크샵
( http://www.snubi.org/workshop/gda2012/index.html )
매년 서울의대정보의학실에서는 유전체데이터를 분석하는 워크샵을 진행하고 있습니다. 금년에도 2월에 열렸구요. 그동안 진행되었던 GDA 관련 실습내용을 담은 책까지 출판되었습니다. 작년에 이어 올해 2회를 맞는 GDA는 아마 내년에도 열리지 않을까 합니다.
상용 서비스 - Samsung SDS, DNAneuxs
지금까지는 정기적으로 열리는 NGS 관련 워크샵이고, 제가 직접 들어본것은 아니지만, 리눅스 기반에서 OpenSource 툴들을 이용해서 분석하는것을 기본으로 하고 있습니다. 하지만, 요즘에는 OpenSource 기반의 Galaxy를 비롯하여 삼성 SDS나 미국의 DNAnexus와 같은 상용 서비스들이 나오기 시작했습니다. 물론 자신이 직접 데이터를 다루는것도 좋겠지만, 그러한 여건이 되지 않는다면 이러한 상용 서비스를 이용해보는것도 좋은 방법일겁니다.
NGS 데이터가 Human Whole Genome을 다루려면 예제로 사용하는 데이터에 비해 크기가 크기 때문에 자료를 핸들링하거나 보관하는데에 어려움이 따르게 되기 때문에 이러한 분석/저장 서비스를 해주는 상용서비스도 고려해볼만 합니다. 개인적으로는 Amazon 기반의 클라우들를 통해 서비스하는 DNAnexus 서비스를 사용해봤는데, 그저 저는 데이터를 올리기만 하면 분석이 끝나고 더욱이 1년동안 자료가 보관되기 때문에 필요할 때마다 접속해서 손쉽게 사용할 수가 있었습니다. (자세한건 나중에 포스팅)
이 DNAnexus 서비스는 국내에서 BMS Korea가 관리하고 있는데요. 금번 3월에 DNAneuxs 사용에 관련한 교육이 BMS에서 열립니다. 관심있는 분들은 한번쯤 들어보시는 좋을듯하네요.
KOBIC 차세대 생명정보 교육 프로그램 (http://education.kobic.re.kr)
KOBIC(국가생명연구자원정보센터)에서는 현재 7회까지 차세대생명정보학 교육이 이루어지고 있는데요. 간간히 NGS 관련 교육이 올라오고 있습니다. 년간 교육계획을 보면 지난해 12월에 이어서 오는 4월에도 NGS 관련 교육이 있을 예정이더군요. WGS (Whole Genome Sequencing), WES (Whole Exome Sequencing), Epi-Genome, RNA-Seq, Small RNA, 미생물 등 다양한 NGS Application의 기본 내용과 실제 분석에 대한 실습으로 강의가 이루어집니다.
동계유전체학회 워크샵 (http://www.kogo.or.kr)
매년 2월에 동계유전학회가 열리는데요. 작년부터 워크샵을 진행하고 있습니다. 작년에는 EBI의 NGS관련 워크샵이 있었구요. 올해도 "NGS data를 이용한 지놈 정보 분석" 워크샵이 진행되었습니다. 제 생각으로 앞으로도 동계유전체학회에서는 생물정보분석교육 워크샵이 매년 이어질듯하네요.
통계유전학 워크샵 (http://www.kogo.or.kr)
매년 여름에 한국유전체학회에서 실시하는 통계유전워크샵(Asian Institute in Statistical Genetics and Genomics)입니다. 여기에서도 작년부터인가 NGS 관련 데이터 분석이 포함되기 시작했습니다.
서울대학교 GDA(Genome Data Analysis) 워크샵
( http://www.snubi.org/workshop/gda2012/index.html )
매년 서울의대정보의학실에서는 유전체데이터를 분석하는 워크샵을 진행하고 있습니다. 금년에도 2월에 열렸구요. 그동안 진행되었던 GDA 관련 실습내용을 담은 책까지 출판되었습니다. 작년에 이어 올해 2회를 맞는 GDA는 아마 내년에도 열리지 않을까 합니다.
상용 서비스 - Samsung SDS, DNAneuxs
지금까지는 정기적으로 열리는 NGS 관련 워크샵이고, 제가 직접 들어본것은 아니지만, 리눅스 기반에서 OpenSource 툴들을 이용해서 분석하는것을 기본으로 하고 있습니다. 하지만, 요즘에는 OpenSource 기반의 Galaxy를 비롯하여 삼성 SDS나 미국의 DNAnexus와 같은 상용 서비스들이 나오기 시작했습니다. 물론 자신이 직접 데이터를 다루는것도 좋겠지만, 그러한 여건이 되지 않는다면 이러한 상용 서비스를 이용해보는것도 좋은 방법일겁니다.
NGS 데이터가 Human Whole Genome을 다루려면 예제로 사용하는 데이터에 비해 크기가 크기 때문에 자료를 핸들링하거나 보관하는데에 어려움이 따르게 되기 때문에 이러한 분석/저장 서비스를 해주는 상용서비스도 고려해볼만 합니다. 개인적으로는 Amazon 기반의 클라우들를 통해 서비스하는 DNAnexus 서비스를 사용해봤는데, 그저 저는 데이터를 올리기만 하면 분석이 끝나고 더욱이 1년동안 자료가 보관되기 때문에 필요할 때마다 접속해서 손쉽게 사용할 수가 있었습니다. (자세한건 나중에 포스팅)
이 DNAnexus 서비스는 국내에서 BMS Korea가 관리하고 있는데요. 금번 3월에 DNAneuxs 사용에 관련한 교육이 BMS에서 열립니다. 관심있는 분들은 한번쯤 들어보시는 좋을듯하네요.
BMS Korea의 DNAnexus 교육 (http://bmskorea.co.kr/)
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