단맛만좋아요

현재 국내에서 바이오인포매틱스 관련 오픈 소스 프로젝트에 직간접적으로 참여하고 계신분이 얼마나 될까요? 또한 이러한 바이오인포매틱스 관련 오픈소스의 활용은 어떠할까요?? 어떠한 부분에서 어떤 오픈 소스 소프트웨어를 사용하는지, 얼마나 알고 계신지, 필요성은 느끼시는지 궁금해지네요. Biopipe나 Bioworks도 이러한 오픈 소스가 없었더라면 생겨나지 못하는 그리고 앞으로도 오픈 소스 소프트웨어들이 받쳐 주지 않는다면 무용지물의 소프트웨어 될 수 밖에 없는 아주 중요한 문제입니다. 제가 생각하기에는 이러한 바이오인포매틱스 관련 오픈 소스의 개발과 활용에 대한 문제는 바이오인포매틱스 연구의 뿌리라고 생각합니다. 아래의 내용은 가칭 한국 오픈 바이오 사용자 모임(http://open-bio.kr)의 설립 ..

OBF에서 지원하는 BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 2007에서 재미난 것들을 나만 알아보도록 요약해봤다 ^^;; BOSC 2007 발표자료 1 - An Open Source Framework for Teaching Bioinformatics where's the real bottleneck in scientific computing? scientific software developement is not an oxymoron an open source software culture in the undergraduate computer science curriculum 산업현장과 학교간의 격차 오픈소스 정의 오픈소스의 가치 오픈소스 교육 프레임워크(소스코드,..

저번 포스팅에서 현재 논문으로 publish되었거나 또는 개발중인 Bio Workflow Management System들에 대해서 언급한적이 있습니다. 그외에도 최근 GIW 포스터로 부터 DDBJ의 Workflow에 대해서도 잠깐 언급한적이 있습니다. 모두 조금씩 모양은 다르지만, 이러한 WMS(workflow management system)들이 추구하는것은 모두 같은거죠 ^^ 오늘은 이러한 WMS를 기반으로 생물학자들의 협업을 이끌어낼 수 있는 정확하게 말하자면 Workflow 기반 Bio 포털에 대해서 알아보려고 합니다. 이미 생물학에 관련된 포털(?)들은 생물학의 각 분야별로 꽤 많은 것으로 알고 있습니다. 그러니 여기에서는 Workflow를 기반으로 하는 포털들만 다루도록 하겠습니다. Tave..

myExperiment에 대한 내용이 들어있는 ppt자료네요 ^^;; Web2.0과 어떠한 형태로 Grid와 함께 e-Science를 만드는지에 대한 내용과 Web2.0에서의 myExperiment에 대한 내용이 들어있습니다. 이 자료 하나로 현재의 e-Science를 전망해 볼 수 있을거 같습니다. | View | Upload your own

GIW(International Conference on Genome Informtics) 2007이 지난 3월 싱가폴에 열렸습니다. 비록 저는 참석하지 못했지만, 지인께서 다녀오시면서 제가 관심있어 할 만한 포스터 2장을 던져 주셨습니다. 단지 WebServices라는 단어가 들어갔다는 이유로 ^^;; 이미 알려진 내용들이지만 다시 한번 짚어보도록 하겠습니다. Web API for molecular biology data resources at DDBJ DDBJ의 Web API DDBJ에서는 SOAP과 REST 방식을 통틀어서 Web API라는 단어를 사용하고 있는데요. 뭐 틀린 단어는 아니지만, 이미 W3C에서는 The W3C Web API Working Group에서 Web API라는 단어를 사용하..

Workflow Management System이란? The software component taht "defines, manages and executes worflows through the execution of sotware whose order of execution is driven by a computer representation of wht workflow logic", according to Workflow Managenemt Coalition(WfMC) Reference Model, is named Workflow Management System(WMS). 바이오인포매틱스와 WMS 바이오인포매틱스에서도 Workflow Management System과 것들이 이미 개발되어 biosc..

이제는 동영상을 이용하는 연구 커뮤니티 입니다. 바로 SciVee 서비스가 이것을 가능하게 하고 있습니다. SciVee에 대한 내용은 Agile2Robust 블로그에 자세한 설명이 나와있으니 참고 하시기 바랍니다. 한마디로 과학계의 Youtube라고 하는 서비스입니다. 이미 Taverna의 메일링 리스트에 언급되고 있어서 한번 가서 본적이 있는데, 정말 이런 서비스를 가능하다는 것 자체가 놀라울 따름입니다. 아래 내용은 The BRCA1/2 pathway prevents hematologic cancers in addition to breast and ovarian cancers 라는 논문의 pubcast입니다. podcast가 아니고, pubcast ^^ 논문의 저자가 막 나오고 하니깐 참 흥미롭네요 ^^

Bio::Blogs #16 - Halloween edition에 보면 "연구를 위해서 Blog를 시작하라"는 인용을 시작으로 Three stories about science and the web에 대해서 언급하고 있습니다. 간단하게 말하자면 과학(bioinformatics and computational biology)분야에서 웹을 사용하여 효과적인 연구활동을 위해 필요한 것들에 대해 말하고 있습니다. 한번은 google과 naver등의 search를 통해서 국내의 bioinformatics and computational biology 분야에 대한 blog 글들을 찾아 보았더랬습니다. 기초적이건 세부적이건간에 그리 많지 않은 blog가 있을 뿐이었습니다. 반면 외국에서는 자신의 연구분야와 관련한 다양..

OBF(Open Bioinformatics Foundation)은 바이오인포매틱스분야의 공개 소스 프로그래밍을 지원하는데 초점을 맞추고 자발적으로 운영되는 비영리 단체이다. 이 단체는 자발적인 프로젝트인 Bioperl, BioJava, BioPython에서 생겼고, 하드웨어 소유를 위한 적당한 조건들과 도메인 네임 관리, 컨퍼런스와 워크샵을 위한 기금마련 등을 처리하기 위해 통합되었다. OBF의 주요한 활동은 다음과 같다. BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 컨퍼런스를 승인하고, 개최한다.미래의 ‘hackathon’ 이벤트를 승인하고, 개최한다.서버와 설비, 은행 계정, 도메인 네임과 같은 자산들을 관리한다.미국의 Delaware주에 비영리 법인으로 조직되어 있..

경진대회 꼭 KOBIC이나 KISTI만 하라는 법 있나요?? 제 1 회 Taverna 경진대회 시작합니다. ^^;; 문제 여기를 누르시거나(마우스 오른쪽 버튼을 눌러서 다른이름으로 저장을 선택해서 저장 ^^) 또는 여기를 누르셔서(myExperiment에 계정을 만들고 로그인하셔야 다운로드 가능) 워크플로우 xml 파일을 다운로드 받으실 수 있고요. 실행해 보면 제 여자친구와 저의 아주 뜨거운 사진을 볼 수 있습니다. 따라서 미성년자는 대회 참가를 허락합니다. ㅎ 얼른 Taverna를 다운받으시고 위의 워크플로우 파일을 실행시켜 보세요. 실행시킨 Taverna결과를 캡쳐해서 보내주시면 됩니다. 상품 추첨하여 소정의 경품(?)을 드리겠습니다. 아직 기념품은 확정되지 않았습니다. 기대해 주세요 ^^;; (경..