단맛만좋아요

한다고는 했지만 이렇게 빨리 시나리오 모집 이벤트를 할 줄은 몰랐습니다. ^^;; 150만원 상당의 노트북 보다 상금이 더 땡기는 이유는 뭘까요??

myExperiment에 대해서는 저번 포스팅에서 언급했듯이 한마디로 워크플로우 기반 협업을 위한 커뮤니티이다. 물론 Taverna를 기반으로하는... 그동안 클로즈베타 서비스를 수행중이었는데, 오늘 메일링 리스트에 드디어 오픈 베타를 실시한다고 한다. 모두들 가입하셔서 한번 둘러보시는것도 괜찮을 듯 합니다. 클로즈베타에서는 openid만을 지원했는데 이제는 일반 로그인도 가능한가 봅니다. 기능상에는 큰 차이는 없어 보이나 UI가 많이 바뀌었습니다. 솔직히 클로즈베타때는 별로 안이뻐서 ㅋㄷㅋㄷ 시간이 나면 좀 더 둘러봐야겠습니다. 요즘 Bioworks 후기도 작성해야 해서 돌아다닐 시간이 별로 없네요 ^^;;

영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..

DDBJ(DNA Data Bank of Japan)는 일본국립유전학연구소(National Institute of Genetics) 산하 기관으로 DNA 염기서열의 데이터베이스를 유럽의 EMBL, 미국의 GenBank와 함께 구축하여 제공하고 있다. DNA 데이터는 DDBJ, EMBL, GenBank중 하나에 등록되지 않으면 저널에 수록되지 않으며 이 3개 기관은 신속하게 처리해 갱신하는 역할을 하고 있다.은 DDBJ에서 제공하고 있는 주요 웹 서비스를 보여주고 있다. 표 1. DDBJ에서 제공하는 주요 웹 서비스 웹 서비스가 나온지 오랜 시간이 지났지만 아직까지 활발히 사용되지 않고 있는건 아마도 사용하기 까다롭기 때문일 것이다. DDBJ에서는 이러한 어려움을 줄이고 좀더 손 쉬운 방법으로 서비스를 제공..

Taverna에서는 묵시적이지만, 설정이 가능한 iteration 메커니즘을 가지고 있다. processor가 하나의 list를 입력으로 받으면 여러번 processor가 수행되어 그 결과를 새로운 list로 받을 수 있다. 이러한 iteration은 cross와 dot이 존재한다. 첫 번째는 a 하나만을 입력으로 받아서 function f를 수행하고 나면 결과로 f(a)를 받는 일반적인 상황이고, 첫 번쨰 하단은 입력으로 리스트 [a1,a2,a3]를 받아서 결과로 묵시적인 iteration이 발생해서 각각의 입력에 대해 하나씩 수행된 상황이다. 이제 cross와 dot strategy가 발생하는 상황인데, 첫 번째 cross는 입력으로 [a1,a2] [b1,b2]를 받으면 두개의 list가 cross로..

Bioclipse: an open source workbench for chemo-and bioinformatics 요약 Background: 화학-바이오인포매틱스(chemo- and bioinformatics) 연구에 필요한 단일의 워크벤치(singel workbench)로부터 소프트웨어 어플리케이션이 필요하다. 상업 패키지(commercial packages)의 경우 비용과 소스의 비공개(closed source) 문제가 있다. 따라서 알고리즘을 교체(modify algorithms)하거나 기능(custom functionality)을 추가하는데 문제가 있다. 본 오픈소스 프로젝트(existing open source projects)는 사용하기 쉬운 인터페이스(user-friendly) 보다 독립되..

Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics, Ola Spjuth1, 2007, BMC Bioinformatics. 다들 알고 있겠지만 Eclipse는 단지 자바나 기타 프로그래밍 언어를 위한 통합개발환경(IDE)이 아니라, 툴의 통합을 위한 공개 플랫폼이다. 다시 말해서 Eclipse는 상이한 툴들이 끊김없는 유저 인터페이스를 가진 단일 통합 어플리케이션으로 합치기 위한 프레임워크를 제공한다. Eclipse RCP는 Eclipse가 단순히 개발툴인 아닌 어플리케이션 플랫폼으로 활용할 수 있도록 정의된 것으로 Eclipse는 SWT를 기반으로 GUI 플랫폼의 독립성을 확보하고, 그 위에 수많은 플러그인이 합쳐진 결과가 Eclipse..

과학적인(Bioinformatics) 문제를 풀기 위한 일반적인 과정은 다음과 같다. Step 1 : Figure out what it is you wnat to do. 어떠한 문제를 해결하고자 할것인지, 다루는 데이터와 해야할 일에 대해 생각하는 단계이다. Setp 2: Conceptualize the flow of data and the individual steps in the process. 어떠한 알려진 DNA, RNA, protein 서열로 부터 인간의 진화적인 관련성을 결정하기 위한 과정을 다음과 같이 나타낼 수 있다. Setp 3. Identify sources, and applications or services to perform each setp. 각 단계마다 필요한 데이터나 도구, ..

저번 포스팅에서더 잠깐 언급했지만 드디어 myexperiment가 클로즈 베타 테스트를 실시하고 있습니다. 메일을 보냈더니 2~3일 후에 접근 권한을 주는 메일이 와서 어제 한번 쭉 둘러보았다. myexperiment는 작게 보면 Taverna라는 워크플로우 디자인 도구의 결과물(일련의 실험 과정)을 서로 공유하는 web2.0스러운 bio science 관련 웹페이지라고 보면 될것이다. Taverna는 가장 대중적인 웹 서비스 워크플로우 디자인 도구로서 EPSRC(Engineering and Physical Sciences Research Council)의 펀드의 myGrid 프로젝트의 일부로서 GNU Lesser General Public License(LGPL) 하에서 자유롭게 사용이 가능하다. 또한..

논문을 정리하고자 할때 많이 쓰는 EndNote보다 휠씬 이쁜 papers로 논문을 정리하는 중... 다운로드는 여기를