단맛만좋아요

올해 첫번째이자 마지막일 될? 연휴를 즐겁게 지내고는 있는데 전세계가 Flu때문에 떠들썩 합니다. 게다가 어제는 눈먼자들의 도시라는 영화까지 감상한지라 괜한 두려움만 더욱 커지게 되었습니다. ^^;; 지난번 글에서 구글의 Flu 예측 시스템에 대한 논문을 네이처에 발표했다는 내용을 잠깐 언급한적이 있었는데 발표한지 얼마나 됐다고 이 구글의 시스템이 요번 사태에 덩달아 얻어 맞고 있습니다. 국내기사에서는 신종플루 구글 시스템 효율성 논란이라는 제목으로 기사화 되었는데, 아래는 이 기사의 원본입니다. 지난해 11월 구글은 CDC의 실제 독감 경보 데이터와 자신들의 검색어를 가지고 Flu 예측 모형을 만들었고, 이는 보건당국보다 한발 앞선 독감 경보를 통해 인명피해를 줄일 수 있다고 떠들었는데, 이번 멕시코 ..

iPhone 개발을 위한 책을 하나 구입했습니다. Objective-C를 사용하는데 이게 생각만큼 만만치만은 않은 듯 합니다. 일전에 마이클이 보여준 SNPedia의 접속 로그를 보면 존슨앤존스의 접속 로그들이 눈에 띄었었는데, 이 존슨앤존슨의 자회사인 LifeScan에서는 당뇨(Diabetes) 관리를 위한 iPhone 어플리케이션을 발표하기도 했었습니다. 혈당을 측정해서 그 측정값을 아이폰으로 보내면 그에 맞는 관리를 아이폰을 해주는 거죠,,, 그와 더불어 지속적인 커뮤니티 및 푸시 서비스를 통해서 당뇨환자를 관리 할 수 있다는 장점도 가지고 있다는 것입니다. 이렇듯 아이폰을 가지고 헬스 분야에 다양하게 활용이 가능한거죠,,, iPhone & Medical Devices 그래서 제가 그런걸 하려고 아..

많은 분들이 PubMed의 내용을 RSS로 읽어 들어 자신이 관심있는 논문을 읽어들이는 방법을 사용하고 계신데요. 저도 여기에 제 방법을 소개해보려고 합니다. 이제 웹브라우저 하나 띄어 놓으시고 천천히 따라 하시면 됩니다. 1. Yahoo Pipes 서비스에 가신 후 상단의 검색 창에 "pubmed"로 검색하시면 "PubMed search(v1.0) / RSS"라는 파이프가 있습니다. 2. Search PubMed 입력창에 자신이 관심있는 키워드를 입력합니다. 저는 SNP과 RS(dbSNP의 RS번호가 들어간 논문을 찾기 위해)를 키워드로 등록했습니다. 이 서비스는 NCBI의 Entrez의 Esearch를 사용해서 PubMed의 제목과 요약 부분을 등록된 키워드로 검색해서 보여주도록 하는 파이프입니다. ..

금요일 저녁 5시 신촌 스타벅스에서 OBK 모임이 시작되었습니다. 마이클, 김동준(국립보건연구원), 김영진(국립보건연구원), 저(국립보건연구원) 이렇게 4명과 바로 모임 장소 앞에서 terra19(오태윤)님을 만나서 같이 모임 장소인 스타벅스로 들어갔습니다. 마이클, 오태윤, 김동준, 가려진 김영진 사람들을 기다리면서 마이클과 SNPedia와 Promethease에 대해서 이야기를 했습니다. SNPedia에 대해서 간략히 요약해 보면 다음과 같습니다. SNPedia는 genetics를 위한 Wikipedia이다. SNPs, CNVs, microRNA에 대한 정보를 보여준다. Yahoo Pipes를 통해서 논문중에 SNP 정보(RS번호)가 있는 글(NCBI의 Entrez 서비스 사용)들을 읽어 들이게 됩니..

인터넷을 통해서 OLPC를 보다가 실물을 마이클이 가지고 와서(마이클은 캄보디아에서 직접 OLPC를 아이들에게 가르치고 왔다) 보게 되었다. 다른건 모르겠고 밝은 햇살 아래에서도 화면은 아주 잘 보였다. python을 통한 프로그래밍과 Doom 게임이 인상적이었다. ^^;; XO, MacBook, Thinkpad 화면 밝기 비교 햇살 바로 아래에서도 선명한 화면 둠~~~

인플루엔자(독감)은 바이러스에 의한 급성 호흡기 질환으로 2000년 제3군 법정전염병으로 지정되어 전국 680여개 보건의료기관을 통해 표본감시로 운영되고 있습니다. 질병관리본부에서는 매주 인플루엔자 표본감시 소식지를 발행하고 있는데요, 지난 1년간 인플루엔자 의사환자(38도 이상의 갑작스런 발열과 더불어 기침또는 인후통을 보이는 경우, Influenza-like illness,ILI)분율 (1,000명당 2.6명을 초과하면 독감이 유행하고 있다고 봄)을 각 지역별로 통계를 내 보았습니다. 울산의 경우는 전국 평균의 두배를 보이고 충북은 가장 낮은 수치를 보이고 있습니다. 이 수치만 본다면, 충북에 살고 있다면 독감에 걸릴 확률이 가장 낮게 되겠지요 ^^;; 자! 독감에 걸릴 확률을 확--- 줄이고 싶으시..

요즘 벚꽃이 만발한게 날씨가 너무 좋습니다. 어제는 에어컨까지 틀어 놓을 만큼 더웠는데, 오늘도 역시나 날씨가 너무 좋은게 일하기 딱 싫은 그런날입니다. 그래도 다행인것이 오늘만 지나면 주말이라는거 ^^;; 예전에 만들었던 구글맵 기반의 genome browser를 다시 한번 들여다 보다가 정리가 안되는 바람에 우선 프리젠테이션 자료로 만들어 봤습니다. 이렇게 해 놓으면 까먹진 않겠죠 ^^;; 몇개월동안 손을 놓고 있었는데 슬슬 다시 시작해 볼까 합니다. ^^ View more presentations from Hong Changbum.

"삼성SDS(대표 김인)와 가천의과학대학교(총장 송석구), 한국 생명공학연구원(원장 박영훈)은 6일 삼성SDS 본사에서 삼성SDS 정보기술연구소장 박승안 전무와 가천의대 이길여암·당뇨연구원의 김성진 원장, 박종화 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터장이 참석한 가운데 바이오인포메틱스 기술 개발을 위해 양해각서를 교환했다." 오늘자 기사군요, 몇 주전 이 삼각구도를 들었었는데, 실제 기사가 나왔군요. 이 이야기를 듣고 생각난 것 몇 가지? 1) 그렇게 떠들어 댔던 맞춤의학, 예방의학이 이제 삼성이 손을 댈 만큼 성숙한 건가? 제가 알기로는 삼성계열은 돈 되지 않으면 잘 안움직이는 걸로 아는데,,, 여기에 대해서 아시는 분은 댓글 좀^^;; 2) 마지막에 구글을 언급하는건 23andMe일텐데,,, 최종 ..

일전에 저희 센터에 NGS에 관련해서 Applied Biosystems에서 발표를 했었습니다. 앞부분을 조금 녹화해봤습니다. 제 맥북을 보고 자기도 가지고 있다고 그러는군요 ^^;; 1000 Genome 프로젝트에서 SOLiD를 가지고 시퀀싱한 후 분석한 내용에 대해서 간략하게 설명한 내용입니다. 목소리 출연: 나, 김군 주연: 맥스, 팀장님

요즘 genome browser(뭐 이미 공개된 브라우저에 데이터만 넣은거지만,,)를 만들고 사람들에게 한번 써보라고 했다. 내 생각: 검색어에는 자신이 원하는 gene이름, snp번호, 염색체상의 일정 영역등 자세한? 내용을 넣어 검색해 주기를 원했는데,,, 사용자 생각: 검색어에 그냥 당뇨, 인슐린, 유방암 이렇게 넣어버렸다. 차이: 브라우저의 용도에 맞는 검색어를 넣어주기를 바랬지만, 실상은 그렇지 않았다. 너무 포괄적인 검색어를 넣어 버리는 바람에 검색 속도가 늦어 버리는 결과가 생겨 버린것이다. 사용자에게 이건 이런 용도니까 이런 검색어를 넣고, 접두사는(사이트 검색시 site: 처럼) 뭐를 넣으세요. 설명한다면 그건 내가 지는 거다. 아니 내가 잘못 만든거다. 그럼 해결책은 광범위한 검색어를 ..