단맛만좋아요

1,2 단계는 그럭저럭 해볼만 하다. 하지만 3단계는 ㅋㅋ 3단계 문제는 Blast의 결과 정확히 말하자면 blastp의 결과물을 가지고 유용한 정보 Pathway, PPI정보등을 찾는것이다. 이건 무한한 상상력을 발휘하면 되겠다. 그럼 이제부터 풀어보도록하자. 우선 blast 결과물은 어떠한 DB를 대상으로 했는가가 중요하다. Pathway 정보는 KEGG를 통해서 알수 있는데 Blast의 결과에 나오는 ID와 KEGG에서 사용하는 ID가 서로 상이하기 때문에 이를 KEGG ID로 변환하는 과정이 필요로 한다. 이것은 KEGG의 bconv라는 모듈을 통해서 가능하다. NCBI GI의 경우 ncbi-gi:번호 형식으로 bconv를 수행하면 ncbi-gi에 해당하는 KEGG ID를 반환한다. Externa..

국가생물자원정보관리센터에서 Biopipe 경진대회를 실시한다. Biopipe는 Taverna와 유사한 워크플로우 툴로서 써보면서 몇가지 장단점을 비교해보았다. Biopipe는 국내에서 개발되어서 아무래도 문제점이나 사용에 있어서 Taverna에 비해 피드백을 받기가 수월한점이 우선 장점이라고 할 수 있겠다. 그러나 아직까지 문서화가 잘 되어 있지 않다는 점은 앞으로 beta 딱지를 떼어내면 좀 좋아 질거라고 생각된다. 조금 모자란 툴이라도 문서화가 잘 되어 있어야 사용자를 끌어들이기가 수월하다. Taverna가 자바어플리케이션인 반면 Biopipe는 웹브라우저 기반의 툴이다. Web 2.0에 맞도록 해당 페이지를 변환하지 않고 모든 작업을 할 수 있을 뿐만 아니라 자신이 만든 Biopipe를 공개함으로써..