단맛만좋아요

한국인 유전정보 요즘 한국인 유전자 지도 완성과 함께 한국인, 유전정보라는 단어와 함께 유전적 변이의 하나인 SNP(스닙)에 대한 관심도가 증가하고 있습니다. 간단히 사람과 사람간이 차이를 바로 이 SNP을 통해 어느정도 이야기 할 수 있고, 이미 미국을 비롯한 외국에서는 이 SNP을 이용해서 한 사람, 가족에 대한 유전정보를 제공하고 있습니다. 그 대표적인 예가 바로 23andMe가 되겠죠,,, 유전체실용화 사업 우리나라에서도 일찍이 이러한 SNP 연구가 활발히 진행되어 왔고, 그 중심에 국립보건연구원의 유전체센터가 주도적인 연구를 진행해 오고 있습니다. 국립보건연구원은 2001년 부터 보건의료유전체연구사업내의 유전체 실용화 사업을 통해 한국인에 빈발하는 질병의 유전체정보를 수집하고 체계적으로 연구/관..

HapMap GBrowse HapMap에서 사용하는 gbrowse에 내 데이터 살짝 얹어 보도록 하자. 직접 Genome Browser를 만들 수 없는 상황이라면 아주 유용하게 사용될 수 있을 것이다. 아래 그림은 chromosome 9의 0.7M 영역에서의 HapMap 프로젝트에서 Genotype한 SNP(붉은색 삼각형)들과 dbSNP의 SNP(파란색 삼각형)들을 GBrowse를 통해서 본 것이다. HapMap에서의 Genotyped SNP와 dbSNP SNPs 트랙 여기서 내가 Genotype한 것들이 있을 경우 HapMap, dbSNP들과 비교해 보길 원한다면 자신의 Genotype한 데이터를 GFF 형식으로 만들어서 gbrowse에 살짝 넣어주면 된다. 자 그럼 시작해 보자. GBrowse Hac..

Pierre Lindenbaum(Blog : YOKOFAKUN) 이 분은 프랑스분이신거 같은데 프로필에 보면 바이러스학을 전공하시는걸로 되어있는데,,, Nature Network의 Bioinformatics그룹이나 MyExperiment에서 봤던(?)분이다. 이것저것 참 재미있는 내용이 많은 블로그이고, BioBlogRSS에도 등록되어 구독되고 있는 바로 그 블로그인데,, 여기의 My fNotebook: Apache Tomcat / Bioinformatics의 글에서 누구나가 쉽게 리눅스에서 웹서버를 설치하고 활용하는 방법에 대해서 적어 주셨다. 이 글에서 UCSC의 dbsnp를 가져오는 부분만 발췌해서 보면 다음과 같다. 1. snp 정보가 들어갈 데이터베이스를 생성한다. mysql -u root -p..