단맛만좋아요

들어가는말 단지 이미 만들어진 병렬 프로그램에 대해서 성능을 향상 시킨다는 의미만이 아니라 기존의 시리얼 프로그램에 대해서 병렬화하거나 병렬화 프로그램을 새롭게 작성하고자 할 경우 성능최적화, 성분분석, 프로그래밍 관련도구에 대한 지식은 많은 도움이 된다. ^^ 될 것이다. 지금까지의 병렬 프로그래밍 관련 포스트들은 다음과 같다. 리눅스 병렬 프로그래밍 - mpich 리눅스 병렬 프로그래밍 - pbs & loadleveler 고성능 컴퓨팅 환경에서의 병렬 프로그래밍의 성능 최적화 실제 병렬프로그래밍 기법이나, 병렬프로그램을 수행하기 위한 환경은 윗글들을 보면 도움이 될것이다. 여기서는 꼭 병렬 프로그램이 아니더라도 성분분석과 관련된 부분에 대해 언급하고자 한다. 솔직히 위에서 언급한 내용은 표면상의 이유..

들어가는글 리눅스를 접한것이 95년도 대학입학때부터다 한창 인터넷이라는 단어가 회자되던 시절로 넷스케이프, 알짜리눅스, 윈도우즈95의 세단어는 그시절을 떠올리게 부족함이 없다. 엑스윈도우 화면을 한번 보겠다는 일념하나로 리눅스와의 인연은 시작되고 어느덧 시간은 흘러 까맣게 잊고 있던 리눅스와의 인연이 다시 시작된건 리눅스를 이용한 클러스터와 함께 다시 시작되었다. 이제 그때와는 너무 많은 것들이 변화되었고, 단순한 호기심(?)이 아닌 이제 밥줄이 되어 버렸다. 병렬프로그래밍 현재 내가 몸담고 있는곳은 리눅스 클러스터를 기반으로 생물정보학을 연구하는 곳으로 18노드 Itanium2 클러스터를 부터 96노드 IBM PowerPC970 클러스터까지 다양한 클러스터를 갖추고 있다. 이러한 클러스터 시스템은 순차..

리눅스에서 클러스터를 이용한 병렬프로그래밍(mpich)에 대한 내용은 인터넷을 조금만 찾아보면 아주 많은 문서들을 찾아 볼 수 있다. 다시한번 정리해보는 의미에서 여기에 남긴다. ^^;; mpich 1.2.7p1이 지금 현재 최신버전으로 http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/에서 다운로드하여 설치한다. 압축을 해제하고 다음의 configure,make,make install을 수행하기만 하면 된다. # ./configure --with-arch=LINUX --with-device=ch_p4 # make # make PREFIX=/usr/local/mpich-1.2.7p1 install /usr/local/mpich-1.2.7p1/share/machine.LINUX 파일에서..