앞선 Bio::Blog #19에 대한 비누인형님의 글에서와 같이 "(중략) 이러한 Emergent 한 특징은 그 자체로는 우아하기 그지없지만, Engineering 이라는 목적에 있어서는 어마어마한 장애물로 나타나게 된다. 분명 각 부속품들의 동작은 이해하고 있지만, 그것들을 모아두었을 때 어떻게 움직이게 될 것인지는 알 방법이 묘연하기 때문이다.(중략) 이러한 어마어마한 장애물을 풀어헤치는데 있어서 중요한 것이 바로 simple, abstraction...(
한반도기후예측, 신약후보물질탐색, 유전체서열비교에 나오는 데이터는 평균값이 아니라 제일 높은 성능을 낸 날을 선택하였다. 국립보건연구원의 94노드 클러스터의 성능(362Gflops)은 대략적으로 신약후보물질탐색 프로젝트와 같은 성능을 내고 있다. 네티즌들 250명의 참여가 국립보건연구원 클러스터의 성능과 비슷하다고 보면 될듯(??) 유전체서열비교에서 보듯 참여가 많으면 많을수록 성능이 올라가지만,, 우리의 클러스터는(94노드의 362Gflops로) 한계가 딱 정해져 있다는것!!! 물론 요번에 튜닝작업을 거쳐서 실제성능의 향상이 이루어졌다. 이는 튜닝 작업 전의 데이터를 기준으로 작성됨 전반적으로 아직까지는 Korea@Home에 프로젝트를 건의하는것보다는 그냥 우리 시스템으로 돌리는것이 더 빠를 수 있다는..
나름대로 메일의 Signature에 HPC System Administrator라고는 적었지만 아직은 많이 모자란다고 생각한다. Rocks 메일링을 보던중 우연히 하와이에 있는 Maui High Performance Computing Center에서 올 여름 인턴을 뽑는다는 글을 보았다. 한번 지원해 볼까하는 생각이 들었다. 하지만 여기서의 일을 그만두고 갈수도 없거니와 여러가지 상황에 그냥 바라보고만 있을 뿐이다. 좀더 젊고 먹고사는것에 대한 걱정이 없다면 좋으련만... ^^ 니가가라 하와이!!!
고성능 컴퓨팅 환경에서의 병렬 프로그래밍의 성능 최적화
들어가는글 리눅스를 접한것이 95년도 대학입학때부터다 한창 인터넷이라는 단어가 회자되던 시절로 넷스케이프, 알짜리눅스, 윈도우즈95의 세단어는 그시절을 떠올리게 부족함이 없다. 엑스윈도우 화면을 한번 보겠다는 일념하나로 리눅스와의 인연은 시작되고 어느덧 시간은 흘러 까맣게 잊고 있던 리눅스와의 인연이 다시 시작된건 리눅스를 이용한 클러스터와 함께 다시 시작되었다. 이제 그때와는 너무 많은 것들이 변화되었고, 단순한 호기심(?)이 아닌 이제 밥줄이 되어 버렸다. 병렬프로그래밍 현재 내가 몸담고 있는곳은 리눅스 클러스터를 기반으로 생물정보학을 연구하는 곳으로 18노드 Itanium2 클러스터를 부터 96노드 IBM PowerPC970 클러스터까지 다양한 클러스터를 갖추고 있다. 이러한 클러스터 시스템은 순차..
============================================================ Example 7-3 dgshell distributed shell command ============================================================ [root@node-a /root]# cat > /usr/local/bin/dgshell #!/usr/bin/perl $commands=join " ",@ARGV; system "/bin/cat /tmp/gpfs.allnodes | /usr/bin/xargs -i /usr/bin/ssh {} \'hostname; echo \"------\"; $commands; echo\'"; exit; [root@node-..