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parallel programming

How to make multi-thread support galaxy cluster using grid engine and DRMAA 1개의 마스터 노드와 2개의 worker 노드로 구성된 클러스터를 qhost 명령을 통해 현재 노드들의 상태를 확인 할 수 있습니다. 각 노드당 CPU의 갯수(NCPU)는 4개이며 노드당 메모리는 7.8G(MEMTOT)임을 확인 할 수 있습니다. root@biomaster:/BIO# qhost HOSTNAME ARCH NCPU LOAD MEMTOT MEMUSE SWAPTO SWAPUS -----..
MPI를 이용한 병렬처리 프로그램 ZDNet Korea에서 제작한 동영상입니다. 한번쯤 봐두면 좋을 듯 하네요 ^^;;[Flash] http://dory.mncast.com/mncHMovie.swf?movieID=10042747720071204182245&skinNum=1 [Flash] http://dory.mncast.com/mncHMovie.swf?movieID=10042747720071204191133&skinNum=1
기계학습에 빠져 버리다. Map-Reduce for Machine Learning on MulticoreMap-Reduce를 이용한 Machine Learning(locally weighted liner regression, k-means, logistic regression, naive Bayes, SVM, ICA, Principal Component Analysis, gaussian discriminant analysis, EM, backpropagation)의 속도 향..
MPI와 OpenMP를 이용한 병렬 프로그래밍 Sun Developer Network Korea에 병렬 컴퓨팅 환경에서의 어플리케이션 개발에 대한 내용의 글이 올라왔습니다. 현재의 병렬 컴퓨팅의 대중화에 따른 병렬 어플리케이션 개발 이슈에 대한 내용의 글입니다.
고성능 컴퓨팅 환경에서의 병렬 프로그래밍의 성능 최적화 3 정작 글의 내용은 별로 없는데 벌써 3편이네요, 저번 2편은 비공개글로 한 다음에 몇일에 걸쳐서 수정을 한 후 오늘 공개로 변경했는데 이글은 과연 언제쯤 공개로 될지 ^^2편에 이어서 하드웨어 카운터를 기반으로 성능 분석을 가능하게 해주는 PAPI에 대해서 계속 알아보겠습니다.(1) PAPI(Performance API)의 설치PAPI가 지원하고 있는 있는 하드웨어와 운영체제는 거의 모두 지원하고 있다고 보시면 되겠습니다. 여기서는 당연히 X86기반..
고성능 컴퓨팅 환경에서의 병렬 프로그래밍의 성능 최적화 2 들어가는말 단지 이미 만들어진 병렬 프로그램에 대해서 성능을 향상 시킨다는 의미만이 아니라 기존의 시리얼 프로그램에 대해서 병렬화하거나 병렬화 프로그램을 새롭게 작성하고자 할 경우 성능최적화, 성분분석, 프로그래밍 관련도구에 대한 지식은 많은 도움이 된다. ^^ 될 것이다. 지금까지의 병렬 프로그래밍 관련 포스트들은 다음과 같다. 리눅스 병렬 프로그래밍 - mpich 리눅스 병렬 프로그래밍 - pbs & loadleveler 고성능 컴퓨팅 ..
scalapack
리눅스 병렬 프로그래밍 - pbs & loadleveler 이제 mpi 프로그래밍을 사용할 수 있는 환경이 마련되었다. 즉, 리눅스에서 병렬 프로그래밍이 가능해 졌다는 것이다. 그럼 이제 병렬 S/W를 만들고 실제 수행할 때 좀 더 심플하게 수행하도록 pbs나 loadleveler등의 스케줄러를 통해 실제 mpi 프로그램을 실행하도록 한다. loadleveler script for parallel job (parallel.cmd) [code c] #!/bin/bash # @ job_type = paral..
리눅스 병렬 프로그래밍 - mpich 리눅스에서 클러스터를 이용한 병렬프로그래밍(mpich)에 대한 내용은 인터넷을 조금만 찾아보면 아주 많은 문서들을 찾아 볼 수 있다. 다시한번 정리해보는 의미에서 여기에 남긴다. ^^;; mpich 1.2.7p1이 지금 현재 최신버전으로 http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/에서 다운로드하여 설치한다. 압축을 해제하고 다음의 configure,make,make install을 수행하기만 하면 된다. # ./con..

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