java-programming 21

Java 사용자 정의 Component 만들기

이전 포스팅에서 총 3개의 Java Panel 만들고 Panel 자체를 이미지로 출력해서 Google Maps API에서 사용할 Custom Map Tile에 사용하기로 했다. 문제는 Sense Panel과 AntiSense Panel에 Genome 정보(SNP, CNV, Exon, Intron 등등등등)를 어떻게 표시할것인가?에 대한 것이다. 그전에 그러면 Bioinformatics에서 위의 정보들을 보여주기 위해서 사용하는 그래픽은 어떠한 것들이 있는지 간단히 살펴보자. BioRuby의 다양한 생물 정보 표시 그래프?? 위의 그림들은 흔히 우리가 Genome Browser에서 보는 표시형식들이다. box, line, line with handles, directed, directed box, tria..

java-programming 2008.02.16

Java JPanel을 이용한 이미지 출력 - Genome Browser 만들기 2

이제 해야 할 일은 이미지를 만드는 작업이다. 지금 만들 Genome Browser의 경우 위의 그림처럼 3개의 부분으로 나누어 생각해 볼 수 있다. 2번 부분은 chromosome의 위치를 보여주는 눈금자가 위치할 부분이고 이 눈금자(2번, Scale)를 기준으로 윗부분(1번, Sense)과 아랫부분(3번, Antisense)에 실제 유용한 정보들(SNP정보 등등)이 보여지게 된다. 여기에서는 Java를 이용하여 그림파일을 생성할 것이다. Java에서 이미지를 생성하고 이를 파일로 얻는 방법은 다음과 같다. 1. BufferedImage를 생성한다. 2. 위의 생성된 버퍼로 부터 Graphics 객체를 얻는다. 3. Graphics 객체에다가 마구 마구 그린다. drawLine(), fillRect()..

java-programming 2008.02.14

2008 매쉬업 경진대회 - 그럼 Bio 매쉬업 경진대회!!

작년에 이어서 대한민국 매쉬업 경진대회를 진행한다고 합니다. 네이버와 다음은 이렇게 공동으로 서로의 살길을 찾아가고 있는데요 ^^;; 어디 오픈 API를 통해서 바이오관련 매쉬업 아이디어 없을까요? ㅋㅋㅋ 외국에서는 질병에 관련된 정보를 구글맵을 통해서 보여주는 매쉬업도 있던데... 그냥 매쉬업이 아니라 대한민국이네요 두 회사가 주최하면 바로 대한민국이 되어버리는군요!!! KISTI와 KOBIC도 같이 주최하면 바로 대한민국 바이오 워크플로우 경진대회가 되어버리겠죠 ^^;; 바이오 워크플로우에서도 이런 움직임이 있었으면 하네요 ^^;; 어차피 이러한 워크플로우로 만든 것들도 매쉬업의 한 형태 아니겠습니까??

java-programming 2007.11.08

Daum의 문맥 키워드 API

Daum DevDay때 언급 되었던 문맥 키워드 API가 드디어 공개되었다. 특정 문서에서 중요한 키워드를 자동으로 찾아주는 서비스로 활용할 여지가 꽤 많은 API인것 같다. 어떠한 알고리즘으로 키워드를 추출합니까? 라는 질문에 그건 회사 비밀이니 말할수 없다는 대답으로 웃음지게 만들었던 ^^;; 이놈을 어디다 쓸지는 대충 생각했는데, 이제 공개되었으니 슬슬한번 붙여봐야겠다. 이 글은 스프링노트에서 작성되었습니다.

java-programming 2007.09.27

Bioinformatics or Computational Biology와 Web 2.0

인간의 약 30억개(base)가 되는 염기서열을 해석한다는 것은 , 30억 베이스 중에서 어느 특정부분이 어떻게 단백질로 되어서, 세포내외에서 특정 역할을 어떻게 수행하는지를 밝히는 것이다. 이러한 해석 과정을 연구하기 위한 수많은 연구 분야가 있다. 간단하게 이러한 연구를 수많은 연구를 분야를 통틀어 Bioinformatics라고 한다면, 주로 바이오 데이터를 이용한 분석보다는 이러한 분석에 대한 연구를 진행하는데에 있어 기초적인 자료를 제공하는 바이오데이터 즉, 염기서열 정보, 유전자 해석정보등을 제공하는 바이오 데이터베이스와 Web 2.0과의 결합(?), 접목(?)에 대해서 논하고자 한다. 위에서 언급한 바이오데이터는 Genome Browser 형태로 제공되는데 바이오 데이터에 대한 정보는 상당히 ..

java-programming 2007.05.10

cron과 같이 동작하는 java 프로그램

유닉스의 cron과 같이 특정한 시간에 어떠한 일을 할 수 있도록해주는 java 프로그램입니다. 이걸 가지고 1분 또는 10분마다 생성된 이미지를 Flickr에 올리면 끝!! import java.util.*; import java.text.*; /** * @author Hong Chang Bum (hongiiv@gmail.com) * * TODO To change the template for this generated type comment go to * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates * This application works like cron. * */ public class SystemBackup { public stati..

java-programming 2007.03.09

Flickr API를 통한 인증 샘플

Open API등 다양한 형태로 공개도니 웹 플랫폼들을 유기적으로 섞어 새로운 개념의 융합 서비스를 만들어내는 Mashup, Mashup의 기본이 되는 Open API들이 많은 기업들이 공개를 하고 있다. 어제부터 Flickr에 꽂혀서 블로그에도 붙이고 여러가지 생쑈를 하면서 놀고 있다가 저번에 jachin님이 말씀하신 24시간동안의 라이프로그를 1분단위로 기록해주는 Lifelog를 통해 생성된 이미지를 Flickr API를 통해서 Flickr에 업로드하고 이를 블로그에 슬라이드쇼로 보여주도록하는 것이다. ㅋㅋㅋ 첫단계로 FlickrJ를 통해 인증하고 코드를 첨부한다. ㅋㅋㅋ public class AuthExample { static String restHost = "www.flickr.com"; Fl..

java-programming 2007.03.09

소스코드를 블로그에서 보여주기

언제부턴가 내생활의 일부가 되어버린 블로그 어제는 flickr badge를 붙였고, 오늘은 소스코드를 보기 좋게 하기 위한 dp.SyntaxHighlighter를 설치했다. 다운로드 받아서 css 스타일파일, 자바스크립트파일, 템플릿파일을 적당한 위치에 놓고 스킨에서 링크만 걸어주면 끝. 바로 이렇게 멋진 코드를 볼 수 있다. import genie.*; public class Xenie_excutor{ private Xenie xenie; //please chanarge this 'abs_path' variabe to locate the absolute path to Xenie's directory named genie //for unix and lynux -use '/' for representing..

java-programming 2007.03.08