Eclipse Rich Client Platform(RCP)를 이용한 Bioclipse

Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics, Ola Spjuth1, 2007, BMC Bioinformatics.

다들 알고 있겠지만 Eclipse는 단지 자바나 기타 프로그래밍 언어를 위한 통합개발환경(IDE)이 아니라, 툴의 통합을 위한 공개 플랫폼이다. 다시 말해서 Eclipse는 상이한 툴들이 끊김없는 유저 인터페이스를 가진 단일 통합 어플리케이션으로 합치기 위한 프레임워크를 제공한다.

Eclipse RCP는 Eclipse가 단순히 개발툴인 아닌 어플리케이션 플랫폼으로 활용할 수 있도록 정의된 것으로 Eclipse는 SWT를 기반으로 GUI 플랫폼의 독립성을 확보하고, 그 위에 수많은 플러그인이 합쳐진 결과가 Eclipse이다. 독립적인 어플리케이션(Stand-alone Application)에 필수적인 요소들을 뽑아 구성한 것이 RCP로 Eclipse 자체도 RCP로 구현된 첫번째 어플리케이션인 셈이된다.

이러한 RCP는 Eclipse가 동작하는 모든 플랫폼에서 사용가능한 GUI  어플리케이션 개발이 가능하다. 일반적인 Java 어플리케이션과는 달리 SWT를 기반으로 하기 때문에 Swing에 비해 빠르고 강력하다. 또한 Eclipse 플로그인 아키텍처를 사용하므로 다양한 플러그인을 어플리케이션에서 활용할 수 있다.

이러한 Eclipse RCP를 이용한 Bioinfromatics 어플리케이션이 나왔으니 바로 Bioclipse이다. Eclipse 홈페이지에 Open Source Rich client platform(RCP) applications 에도 소개되어 있다.

Bioclipse는 CDK-plugin과 Jmol-plugin을 사용하여 서로 다른 포맷의 파일의 Import/Export하고 분자의 2D 구조를 편집하고 분자나 단백질의 3D-visualization과 DNA, RNA, 단백질등의 서열의 편집하고 visualization을 수행할 뿐만 아니라 PDB파일을 다루는 등 많은 기능을 가지고 있다. 이렇듯 화학이나 Bioinformatics 연구를 수행하는 연구자에게 아주 유용한 기능들을 제공하고 있다.

문제는 단순히 하나의 툴을 소개하려는 것이 아니라 Eclipse라는 공개된 플랫폼을 이용한 Open Source 어플리케이션이라는 점이다. 다음번에 한번 언급하겠지만, Taverna나 Bioclipse를 보면서 참여와 공유, Open Source라는 단어가 과학계에도 힘차게 불어오고 있다는 점이다.