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Taverna11

Taverna 2로 가는 길목에서 Taverna 1.7 버전이 나왔습니다. 우선 1.7 버전으로 업그레이드 되면서 눈에 띄게 달라진 점이라면 T2 Activity palette, Taverna 2 preview의 2개의 Perspective가 화면 상단에 추가 되었구요. 사용할 수 있는 공개 플러그인들도 대거 추가되었습니다. 내년 6월인가에 Taverna 2 버전이 발표된다고 하는데 미리미리 그 기능들을 보여주는거 같습니다. Papers도 버전업되고 이것저것 연말이라 그런지 버전업 붐입니다. 얼른 업그레이드 해야지 ^^ 2007. 12. 20.
Taverna 사용 내역을 기록하기 Taverna에서는 자신이 수행한 워크플로우에 대한 내용을 데이터베이스에 기록해 놓을 수 있다. input과 output을 비롯해서 중간에 생성된 결과물까지 몽땅 데이터베이스에 기록해 놓았다가 언제든지 다시 실행해 볼 수 있다. 바로 LogBook이라는 플러그인이 그것을 가능하게 해준다. 위의 그림처럼 자신이 수행한 워크플로우에 대한 모든 내역을 기록하고 다시 꺼내 볼 수 있도록 하고 있다. MySQL 데이터베이스만 설정해 주면 사용준비 끝이다. 자신의 작업 내역을 기록해 보고 싶다면 강력 추천한다. 또 한가지 Taverna에서 Beanshell을 가지고 java 프로그램을 작성할 때 외부의 jar 라이브러리를 불러다가 프로그램을 작성할 수 있는 기능이 있는데, Beanshell의 설정창 맨 마지막 탭을.. 2007. 11. 21.
Taverna Plugins 개발하기 뭐하나 새로운걸 만드는 것보다는 Taverna에 통합하는 편이 나을듯 해서 Taverna 개발자 가이드를 보고 있습니다. 나름 이런저런 설명을 친절하게 해 놓았지만, 실제 뭔가를 만들기에는 좀더 공부를 해야겠습니다. 문서에는 가장 좋은 레퍼런스는 Taverna 자신의 소스코드라니 소스코드를 뚫어지게 쳐다보는 수 밖엔 ^^;; Taverna를 이용하여 Plugins을 개발하기 위해서는 우선 SVN, SPI(Service Provider Interface), Maven에 대한 내용을 숙지하고 시작해야 한다. SVN은 Taverna의 소스코드를 다운로드 받기 위한 것이고, SPI와 Maven은 실제 plugins을 만들고 빌드하기 위해 필요한 내용이다. 여기에 덧붙여 eclipse에 대해서 알면 더 좋다. 개.. 2007. 10. 24.
Taverna에서 대용량 데이터 다루기 - 간단한 웹 서비스 Biopipe 경진대회 문제를 풀면서 8,000여개의 multiple 서열을 sort하는 beanshell 스크립트를 만들었는데, 로컬에서 돌아가다 보니 좀 시간이 걸렸다. 간단하게 웹 서비스를 만들어서 휘리릭 배포해서 쓰고 싶어졌다. Axis와 JWS를 이용해서 간단하게 해결하자. 우선 Tomcat에 Axis를 설치한다. Axis를 다운로드 받아서 common/lib에 라이브러리들 옮기고 webapps/axis 디렉토리를 Tomcat의 webapps에 옮긴 다음 http://hostname:8080/axis 로 가면 첫화면에서 validation을 선택하여 필요한 라이브러리를 체크하고 없다면 추가해준다. 이때 라이브러리는 java의 lib/ext 디렉토리에 해당 라이브러리를 옮겨주면 끝. 이제 필요한 .. 2007. 8. 31.