본문 바로가기

blogging277

Deep Genomics 누가 뭐래도 요즘 화두는 deep learning이 아닐까? 그렇다면 현재 genomics 또는 이와 관련하여 어떤 움직임들이 있는지 한번 알아보도록 한다. 유전질환 딥러닝 - Face2Gene 예전 칼 짐머의 "Game of Genomes"의 시즌1의 두번째 에피소드인 "깨어진 코드"편을 보면 이런 장면이 나온다. 칼 짐머가 자신의 염기서열을 시퀀싱 하기로 한후 보스턴의 브리검여성병원의 로버트 그린은 칼 짐머의 얼굴을 유심히 보는 장면이 나온다. “전 지금 유전병에서 나타나는 얼굴의 특징을 찾고 있는 거에요” 브리검여성병원(Brgham and women’s hospital)의 로버트 그린이 말했다. “눈의 모양, 귀가 너무 낮게 있지는 않은지. 귀가 복잡하게 생기진 않았는지” 그린박사는 사무실을 앞뒤로.. 2017. 1. 12.
The Big Challenges of Big Data 네이처에 지난 2013년도에 실린 Biology: The big challenges of big data라는 글이 있습니다. 구구절절 옳은 내용들로 차있고, 뭐 그렇다고 읽어봐야 그다지 임팩트 있는 내용은 없고 해서 걍 1장짜리 그림으로 요약했습니다. Biology: The big challenges of big data 2014. 7. 23.
블로그를 그만 접도록 하겠습니다. 그리 학문적으로나 가쉽거리로나 애매한 위치의 블로그였습니다. 그냥 생각나는대로 적고 한분한분 알음알음 알아서 찾아와 주시는 분들을 보면서 제글을 읽어 주셔서 감사드리는 마음으로 그동안 블로그를 써왔었는데, 이런저런 일신상의 이유로 이제 블로그를 그만 두려고 합니다. 그동안 단맛만을 좋아해 주신 분들께 다시 한번 감사하다는 말씀드리겠습니다. 앞으로는 본 블로그의 글들은 모두 삭제될 예정이며 더이상 이주소로 접근이 불가능하게 됩니다. 혹시라도 본 블로그의 글이 필요하신분들은 백업한 XML 데이터를 보내드리도록 하겠습니다. 감사합니다. 2014. 4. 1.
GenomeCloud는 이벤트 중 GenomeCloud가 기존의 서비스외에 2개의 추가적인 상품을 내놓으면서 이벤트를 하고 있습니다. 유전체 데이터를 위한 클라우드 스토리지인 g-Storage입니다. 유전체 데이터에 특화된 클라우드 스토리지인데요. 일반적인 클라우드 스토리지가 사진, 동영상, 엑셀, 워드 문서 등을 프리뷰하고 관리하게 해주는 것처럼 유전체 데이터를 프리뷰하거나 유전체 데이터의 속성을 활용하기 쉽도록 만들어져 있습니다. 예를 들어 BAM 파일의 경우 preview 하는 경우 SAM 포맷으로 보여주고요. 당근 IGV를 통해서 바로 다운로드 없이 볼 수 있습니다. 그 외에도 FastQC 결과물을 업로드하는 경우(보통 zip으로 묶여있죠)에도 프리뷰를 통해 바로 확인 가능합니다. 또한 각 파일은 샘플명이라던가 시퀀싱 타입 등의 .. 2014. 1. 24.