Bioblogs

OpenSource로 생물정보학 분석 도구(시스템) 개발하기 - Ohloh.net

hongiiv 2008. 1. 23. 13:52
반응형
생물정보학을 통해서 어떠한 분석이나, 분석을 시스템을 만드는 경우 우리는 오픈소스로 소프트웨어를 활용게 된다.

마이크로어레이 분석 시스템이나, genome 브라우저 등을 만들때도 있고 아니면 비교적 스크립트 몇줄로 이루어진 분석 도구를 만들때도 있다. 이런 경우 무턱대고 처음부터 끝까지 자신이 직접 코드를 작성하진 않을 것이다. 자신이 원하는 기능을 같은 라이브러리(Bioperl, Biojava, Biopyton)나 소프트웨어(R-project, svm light, ensembl, blast)등을 이용할 것이다.

이러한 작업에 있어서 우선 처음으로 생각해봐야 할것은 어떠한 오픈소스라이브러리나 소프트웨어를 사용하는가 이다. 나에게 필요한 오픈소스 소프트웨어가 무엇인지를 찾아보는 Ohloh.net의 Stack에 대해서 살펴 보도록 하자.

Ohloh는 한마디로 오픈 소스 네트워크로 오픈 소스를 만들고 사용하는 사람들을 서로 연결해주는 역할을 하고 있다. Ohloh를 살펴보면 크게 Porject, People, Languages, Forums로 메뉴로 구성되어있다. Project는 당연히 오픈 소스 프로젝트들을 살펴볼 수 있다. 프로젝트들은 그 프로젝트에 설명(라이센스 정보, 사용하는 프로그래밍언어, tag 등등), 유저 리뷰, 링크, 뉴스를 볼 수 있도록 했다.

ohloh_project

검색기능을 활용해서 어떠한 오픈소스 소프트웨어들이 있고, 어떠한 라이센스하에서 어떠한 언어로 작성되어 있고 어떠한 기능을 가지고 있는지 살펴보는데 아주 유용하다. 개인적으로 UI도 이쁘고 ^^;;

이러한 기능뿐만 아니라 다양한 통계기능도 가지고 있으니 여러모로 활용이 가능하다. 거기다가 open api까지 지원하니 ^^;;

근데 여기서 중요한 것은 바로 stack기능이다. 자신이 어떠한 소프트웨어를 만들고자 할때 오픈소스 소프트웨어의 모음이 바로 stack이다. 예를 들어 홈페이지를 만든다고 할때 Linux, Apache, MySQL, PHP나 Python 또는 Perl(줄여서 LAMP라고 흔히 부르죠 ^^)을 사용한다고 할때 각각의 오픈소스 소프트웨어들을 stackit 버튼을 눌러 자신의 stack에 포함시키면 자신의 프로젝트에 필요한 또는 유용한 더불어 사용하면 좋을 오픈소스 소프트웨어들을 제안해 주게 된다.

아래 그림은 Bioperl을 비롯한 Biojava, Biopython과 LAMP를 각각 stack에 포함시켰을때 ohloh에서 제안하는 다른 오픈소스 소프트웨어의 목록을 보여준다.

stack

ohloh에서 제안하는 것들로는 BioMart, Jmol, Bioclipse, R 등등이 있다. 또한 자신과 비슷한 stack을 보유하고 있는 사람들과 스택에 쌓인 소프트웨어들의 라이센스 정보와 사용하는 프로그래밍 언어등을 한눈에 볼 수 있도록 하고 있다. 아래 그림은 각 stack에 쌓인 소프트웨어들의 라이센스 정보를 보여주고 있다.

license

뭐 프로그래밍에 대한 직접적인 도움은 되지 않을 수도 있지만, 소프트웨어를 개발하기전에 한번쯤 들러서 자신에게 맞는 오픈소스 소프트웨어를 찾고 정보를 얻는데에는 많은 도움이 될것같다.
반응형