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바이오마커와 정밀종양학(precision oncology)

문헌데이터의 중요성 생물학 문헌 데이터들은 유전자, 단백질(Protein), 화학 성분(Chemical compound) 등 질병 관련 연구에 있어서 중요한 내용을 포함하고 있만 데이터의 양이 방대 하고 산재되어 있어, 연구자들이 일일이 모든 문헌 데이터 를 확인하는 것은 거의 불가능하다. 정밀종양학에 한정하여 환자의 diagnostic, prognostic, predisposing, drug response marker와 gene, variant와의 관계로 한정하여 보면, 1) BRAF V600E와 관련된 논문은 pubmed에서 2004년 5건에서 2017년 454건으로 증가 2) Oncology trial(임상시험)에서 biomarker를 이용한 시험은 전체 시험대비 2000년 ~15%에서 2018년..

즐거운 모니터링 - 두번째 이야기

오늘도 모니터링에 대한 이야기인데요, 모니터링 대상이 조금 바뀌었습니다. 바로 질병입니다. 예전에 HealthMap(Global Dsease Alert Map)이라는 서비스에 대해서 언급한적이 있는데요, 이 서비스는 ProMED Mail, WHO, Google News 등등 수많은 웹사이트에서 질병에 대한 정보를 모아서 이를 구글맵에 보여주는 서비스입니다. 10월 초에 조류독감에 대한 내용들이 우리나라에 보고되고 있지만, 안심 수준인 주황색입니다. 서비스는 간단한데, 이를 구축하는것은 꽤나 복잡합니다. 20,000여개의 웹 사이트의 정보를 나타내는 ProMED Mail 등의 14개의 소스로 부터 질병정보, 지리정보, 질병대상 등등의 정보를 수집하고 이를 자신들이 이미 만들어 놓은 딕셔너리를 통해 카테고리..

blogging 2008.10.22 (4)

질병으로부터 자유로운 세상을 여는 질병관리본부??

오늘은 너무 허탈한 마음과 한편으로는 아직 뭔가 해야할 일이 있다는 것에 감사?한 마음에 포스팅을 합니다. 여러분은 질병관리본부라는 기관을 아시는지요? 질병관리본부 이전에 국립보건원에서 얼마전에 명칭이 바뀌었죠. 요번에 홈페이지가 바뀌었는데요,, 이전 홈페이지에 비해 정보에 접근하기가(이것도 순전히 제생각으로 ^^;;) 좀 뭔가 어색하고, 또한 그 정보 또한 한 국가 기관에서 제공한다기에는 내용면에서 많이 부실해 보입니다. 왜 이글을 쓰냐구요,, 제 블로그의 유입검색어에 "연령별 질병"이라는 단어가 오늘 보이길래 아니 왜? 내 블로그에 이런 단어로 유입되었을까? 라고 생각해봤더니 이전에 포스팅된 글때문인거 같더라구요? 이 유입어와 요번에 바뀐 홈페이지의 질적 양적 불만이 함께 믹스되어 이렇게 글을 쓰게 ..

blogging 2008.03.18 (2)