R-Tree를 이용한 공간?? 데이터 다루기
Genome Browser의 주요 기능은 1~10,000bp 또는 12,010,000~12,020,000 등등 chromosome 상에서 일정한 영역의 정보만을 DB에서 읽어와서 이를 다양한 형태로 출력해주는 것이다. 그럼 이러한 일정 영역의 데이터(feature)를 가져오는 SQL문을 만들어 보면,,, SELECT 온갖정보들 WHERE ref="Chr1" AND start = 12020000 그러나 위의 SQL문은 짧은 feature가 많이 존재하거나, chromosome의 중간 부분을 검색하는 경우에 있어서는 비효율적이다. 직접 HapMap 데이터를 기준으로 chromosome 9(총 140,273,252 bp)의 2,500,001에서 2,502,000 영역에 존재하는 feature를 검색하기 위해 ..
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2008. 10. 8. 20:56
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