KOBIC의 Biopipe 경진대회 - 삼일째 오후

어제 포스팅에서 언급했던것과 같이 Biopipe를 통해 문제를 해결하려고 Biopipe 사이트에 들어가서 차근차근 진행하다가 내가 잘못해서 그런지 몰라도 처음부터 꽉 막혀 버렸다.
WSDbfetch_fetchData를 통해서 서열을 얻고 이를 protein 서열로 바꾸기 위해nucleic_translation_transeq를 사용했다. 각각의 모듈을 독립적으로 실행시 잘 돌아간다. 전체적으로 돌리면 아무런 반응이 없다. 시간이 흐른뒤 점심을 먹고 다시 해보니 잘 된다. 이런 QnA란에 올랐던 글을 지웠다. 아직 답변이 올라오기 전이라. 내가 뭔가 잘못했던건가???

그래 이번엔 searchSimple을 통해 protein 서열에 대해 blastp를 수행하려고 했다. nucleic_translation_transeq의 결과는 파일 형태인데 searchSimple의 입력은 string이다. 어쩔 도리가 없다. 또한 searchSimple은 서열데이터만 넣어야 하니 >로 시작하는 첫줄은 날려야 한다. Taverna에서는 일도 아닌것이 여기서는 ㅠㅠ 어떡하란 말이지. 이런 기본적인 입출력 부분에서 꽉 막혀버리다니.

그리고 이건 오전에 좀 화가 나서 쓴 내용이다.

"코빅은 문제 해결을 통해 프로그램의 질적인 완성도를 높이고, 다양한 요구사항을 개발에 반영하여...(이하생략)"

좋은 생각이다. 테스터들이 자발적으로 참여하기 어렵다면 이런 경진대회를 통해서 사용을 유도하고 이에 따른 버그와 요구사항을 이끌어 낸다. 그런데 이런 처음부터 너무 난관이 많다. 베타버전의 버그테스트는 버그테스트 대로 진행하고, 이러한 버그가 어는 정도(?) 해결한 후에 경진대회를 했으면 하는 생각이다. 이건 경진대회<버그사냥대회, 이러다가 나같은 사용자는 짜증나서 먼가 해보기전에 죽어버릴지도 모른다.

그래 이제 좀 돌아가는것 같으니 위의 내용은 취소하겠다. 그런데 갑자기 Solve Problem에 문제가 한셋트(?)씩 더 생긴것이 아닌가 아무런 공지 없이 헉^^;;
더군다나 자신이 만든 My BioPipe에 있는 list가 삭제가 되지 않는다. 아니 어디있는지 없는지 모르겠다. 그런데 SubmittedBiopipe의 내용중 일부가 사라졌다. 분명히 cho란 author의 biopipe가 있었는데 아주 유용했는데^^;; 이런 어떻게 하는거지 나도 하나 올렸는데 어떻게 지우는 건지 통 모르겠다. ㅜㅜ

일회성 이벤트가 아닌 일회성 툴이 아니라 Taverna나 myexperiment.org와 같은 멋진 아니 더 훌륭한 Biopipe가 되길 바라면서 계속적으로 경진 대회에 관한 글을 포스팅 할 예정이다.