pbs job submit for java application

java를 다운로드하여 설치한다. java 홈페이지에서 linux용 파일을 다운로드하여 실행하면 압축이 풀리면서 설치가 된다.

# pwd
/sapdata/j2sdk1.4.2_10

# cd /sapdata

# ln -s j2sdk1.4.2._10 java <-심볼릭 링크 설정

# ls
j2sdk1.4.2_10
java

# cat /etc/profile <-java 환경 변수 설정
export JAVAHOME='sapdata/java'
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/*:$PBS_O_WORKDIR

pbs로 job을 제출할 경우 현재 디렉토리(.)를 인식하지 못하기 때문에 job 제출시 `java test` 명령으로 실행하면 현재 디렉토리에 분명히 `test.class`가 있어도 `class not found` error가 발생한다.(왜 `.`을 인식하지 못하는지..) 현재 작업디렉토리를 인식시키기 위해 PBS_O_WORKDIR을 class path에 지정해줘야 한다.

# source /etc/profile

# cat java_job.sh
env |grep CLASSPATH
echo $PBS_O_HOST
echo $PBS_O_WORKDIR
echo $PBS_O_HOME
java test

# qsub java_job.sh

# more java_job.sh.o123
CLASSPATH=./:/lib/*:/sapdata/home/sap/hong_test/java <- 환경변수 class path 출력결과
node01.biohealthinfo.org
/sapdata/home/sap/hong_test
/sapdata/home/sap
Hello!!! <- test.java 실행결과

# env |grep CLASSPATH
CLASSPATH=.:/lib/* <- pbs가 아닌 일반 환경에서는 $PBS_O_WORKDIR 이 적용되지 않는다