Naver, Daum 너희만 포털이 아니다 Bio 포털 시대

저번 포스팅에서 현재 논문으로 publish되었거나 또는 개발중인 Bio Workflow Management System들에 대해서 언급한적이 있습니다. 그외에도 최근 GIW 포스터로 부터 DDBJ의 Workflow에 대해서도 잠깐 언급한적이 있습니다.

모두 조금씩 모양은 다르지만, 이러한 WMS(workflow management system)들이 추구하는것은 모두 같은거죠 ^^ 오늘은 이러한 WMS를 기반으로 생물학자들의 협업을 이끌어낼 수 있는 정확하게 말하자면 Workflow 기반 Bio 포털에 대해서 알아보려고 합니다. 이미 생물학에 관련된 포털(?)들은 생물학의 각 분야별로 꽤 많은 것으로 알고 있습니다. 그러니 여기에서는 Workflow를 기반으로 하는 포털들만 다루도록 하겠습니다.

Taverna 기반의 myexperiment
이미 많이 언급했었더랬죠 ^^;; 자신의 워크플로우를 업로드하면 워크플로우 XML파일에서 설명, 워크플로우 그림, 제목등의 정보를 자동으로 추출해서 보여주고 그외 Tag를 작성해서 원하는 사람들은 다운로드할 수 있도록 해주고 있습니다. 가장 최신, 가장 많이 다운로드한 순서로 워크플로우를 볼 수도 있고 워크플로우에 대한 평가나 댓글도 작성할 수 있습니다. 그 외에도 그룹생성을 통해 그룹간의 정보 교환과 블로그, 포럼을 통한 의견교환 및 파일 교환등을 통한 협업을 수행할 수가 있습니다.

제가 올린 워크플로우로 다운로드 횟수가 71번 본 횟수가 112번으로 아직까지 Most Viewed 페이지에 올라와 있네요 ^^

Taverna와 BioWMS 기반의 Biowep
Taverna의 워크플로우 엔진인 Freefluo는 공개 소프트웨어 이기 때문에(물론 Taverna 자체가 공개지만) Taverna를 통해 만들어진 워크플로우(XML기반)는 꼭 Taverna에서가 아니더라도 어떠한 방법으로든 실행할 수 있습니다. 커맨드창에서 실행하거나 웹방식으로 실행가능합니다. 따라서 누구나 마음만 먹는다면 Taverna기반의 포털을 만들 수가 있죠.

Biowep은 BioWMS라는 웹 기반의 워크플로우 뿐만 아니라 Taverna를 통해 생성된 워크플로우까지 Biowep을 통해서 실행할 수 있으며, ontology를 통해서 원하는 워크플로우를 검색할 수도 있고 실행한 결과를 따로 저장할 수 있는 기능을 가지고 있습니다. 커뮤니티 기능은 그다지 볼만한 것은 없고 만들어진 워크플로우에 대해서 다양하게 검색하고 실행한 결과도 다양하게 관리 될 수 있다는 특징을 가지고 있습니다.

간단하게 메뉴를 보자면, All workflow list, My last executed, My domains workflows, My role most popular, All available result, Unsaved results 등의 워크플로우 자체를 다양한 방법으로 분류하고 그결과를 보여주도록 되어있습니다.

Biopipe 기반의 Biocommunity
초기 개발시에는 막아놓지 않았는데, 어떤분이 google groups에 그 존재를 알리며 사람들이 알게되자 현재는 준비중이라는 팻말만 꽂혀있습니다 ^^;; 더이상 어떠한 특징이 있는지는 모르지만, 대충 초창기 모델에서는 Biopipe를 통해 워크플로우를 생성하고, 공유하는 기본기능외에도 wiki나 blog 및 Biopipe에서 사용가능한 서비스를 검색할 수 있는 ontology 등등의 여러가지 기능들로 중무장하고 있는걸로 알고 있습니다. 관계자분이 이글을 읽으셨다면 좀 코멘트라도 ^^