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예전에 작년 5월 달이네요,, Bioinformatics와 웹 2.0이라는 주제를 가지고 글을 쓴적이 있었습니다. 저는 이글에서 Genome Browser를 만드는데 있어서 API를 제공하자는 뭐 그런류의 글이었는데 이것을 구현한 논문이 나와 있더군요,, 제가 생각한것과 조금 틀린점은 이들은 새로운 API를 만들어서 제공하는것이 아니라 Google Maps를 이용한 매시업을 통해서 Browser를 만들었다는 것이죠. 뭐 만들자는거나 만든어진거 가져다 쓰는거나.. ^^;; 어쨌든 Bioinformatics와 매시업의 만남이라는게 키포인트였으니 이건 서로 일맥상통합니다. ㅋㅋㅋ
영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization of genome structure for Affymetrix exon array analysis 라는 논문입니다. 2007년 9월에 Accept된 논문이니까 제 글이 좀더 앞섰죠 ^^ 이논문에서는 가장 눈길을 끄는것이 바로 Google Map API를 통해서 Genome Browser를 만든것입니다.
우선 X:Map Genome Browser의 모습입니다. 상단 부분을 보시면 아시겠지만 바로 구글맵의 지도 정보 대신 Human Chr을 보여주고 있습니다. 구글맵처럼 확대/축소/이동이 자유롭습니다. 어떻게 지도정보 대신 이런 생각을 했는지... 첫번째 놀람
![xmap](http://farm3.static.flickr.com/2319/2230441402_a50a30de01.jpg)
여기서 잠깐 구글맵을 이용해서 지도 정보 대신 다른 정보를 보여주는것이 지도로 보는 와우세상으로 google api를 이용하여 월드 오브 워크래프트 RPG게임지도를 제작해서 보여주는것이 있습니다. 그런데 genome 정보를 보여주다니 ^^ 두번째 감탄
![wow](http://farm3.static.flickr.com/2333/2229656547_a90e263b71.jpg)
다시 본론으로 돌아와서 기본적으로 Ensembl 데이터와 기타데이터를 Bioconductor 패키지를 이용해서 지도정보 아니 genome 정보가 있는 그림조각들을 생성합니다. 모두 11대의 리눅스 서버를 이용해서 3일 동안이나 만들었다는군요. 각 줌레벨에 따라서 만들다 보니 모두 52GB의 이미지 데이터가 생성되었답니다.
나는 왜 새롭게 만들생각만하고 있었는지 왜 저런 생각을 못했는지 이게 한계인가??라는 생각보다는 점점 이렇게 open api를 통한 Bioinformatics 소프트웨어의 등장이 그저 반갑기만 할 뿐입니다.
그럼 이제 남은 일은 저도 snp 데이터를 가지고 한번 만들어봐야겠습니다. 뚝딱 기대하세요 ^^
영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization of genome structure for Affymetrix exon array analysis 라는 논문입니다. 2007년 9월에 Accept된 논문이니까 제 글이 좀더 앞섰죠 ^^ 이논문에서는 가장 눈길을 끄는것이 바로 Google Map API를 통해서 Genome Browser를 만든것입니다.
우선 X:Map Genome Browser의 모습입니다. 상단 부분을 보시면 아시겠지만 바로 구글맵의 지도 정보 대신 Human Chr을 보여주고 있습니다. 구글맵처럼 확대/축소/이동이 자유롭습니다. 어떻게 지도정보 대신 이런 생각을 했는지... 첫번째 놀람
![xmap](http://farm3.static.flickr.com/2319/2230441402_a50a30de01.jpg)
여기서 잠깐 구글맵을 이용해서 지도 정보 대신 다른 정보를 보여주는것이 지도로 보는 와우세상으로 google api를 이용하여 월드 오브 워크래프트 RPG게임지도를 제작해서 보여주는것이 있습니다. 그런데 genome 정보를 보여주다니 ^^ 두번째 감탄
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다시 본론으로 돌아와서 기본적으로 Ensembl 데이터와 기타데이터를 Bioconductor 패키지를 이용해서 지도정보 아니 genome 정보가 있는 그림조각들을 생성합니다. 모두 11대의 리눅스 서버를 이용해서 3일 동안이나 만들었다는군요. 각 줌레벨에 따라서 만들다 보니 모두 52GB의 이미지 데이터가 생성되었답니다.
나는 왜 새롭게 만들생각만하고 있었는지 왜 저런 생각을 못했는지 이게 한계인가??라는 생각보다는 점점 이렇게 open api를 통한 Bioinformatics 소프트웨어의 등장이 그저 반갑기만 할 뿐입니다.
그럼 이제 남은 일은 저도 snp 데이터를 가지고 한번 만들어봐야겠습니다. 뚝딱 기대하세요 ^^
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