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Bioblogs

Genome Browser의 그래픽 요소 정리

by hongiiv 2008. 2. 18.
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Genome Browser를 만들면서 기술적으로 가능한지에 대한 타당성에 대해서 검토를 대충 마쳤다. 따라서 이제는 세부 사항들에 대해서 정의를 하려고 한다. ^^ 그럼 제일 중요한 Brower의 요소인 그래픽 요소들에 대해서 하나씩 정리를 하고 이를 구현해보려고 한다.

Genome Brower의 그래픽 요소
Brower에서 사용자가 정보를 얻는 제일 첫번째는 Genome 정보를 그래픽으로 표현한 그래픽 요소들로 부터 1차적으로 정보를 얻는다. Genome Browser의 목적 중 하나가 바로 Genome 정보를 사용자가 그래픽 요소들을 툥해 한눈에 쉽게 알아볼 수 있도록 하는 것이기 때문에 이러한 그래픽 요소의 정의가 충분이 이루어져야 사용자가 원하는, 사용자가 맘에 드는 Browser를 만드는 첫 단계를 시작할 수 있다.

Ruler
Browser 상에서 Genome 정보를 표시하기 위한 그래픽 요소를 크게 나누어보면, 첫번째 Ruler가 있다. 지도 정보는 위도, 경도의 좌표값을 통해서 지도 정보에 손쉽게 접근할 수 있다. 마찬가지로 Genome에서는 해당 chromosome의 어느 위치를 보고 있는지를 bp(base pair, 염기쌍의 갯수)를 통해서 접근하는데 이를 표시해줄 Ruler(눈금자?)가 필요하다.

K-20080218-405878
UCSC Genome Browser의 Ruler

K-20080218-407453
Ruby 패키지의 Ruler

K-20080218-410374
Ensemble의 Ruler

Feature
두번째 요소는 Feature로서 이 Feature가 실제 Genome 정보를 다양한 그래프 형태로 제공한다. 그럼 Feature에 해당 하는 요소는 이전 포스팅에서 언급했듯이 아래와 같다.

generic
box
line
line with handles
directed
directed box
triangle
spliced
directed spliced
composite features
transcripts

Label
라벨은 해당 Feature들에 부가적인 Text 정보를 넣을 수 있는 요소이다.

Track
Feature들이 들어가는 공간

이상으로 4개의 커다란 category로 Genome 정보를 표시하게 된다. 그럼 Feature의 generic, box는 어느정도 그 윤곽을 잡았기에 가장 첫번째로 언급한 Ruler를 만들어야겠다. 이쁘게 ^^

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