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대량의 R 코드를 클러스터에 분산하기

hongiiv 2008. 11. 6. 10:21
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수백개의 R 코드를 돌려야 할 일이 있다면, 한대의 컴퓨터에서는 100일이 걸릴일이라면 100대의 컴퓨터라면 100일 + 알파,, 요 알파는 각 컴퓨터에 로그인하고 R 코드를 옮기고, 명령어를 통해서 실행하고, 그결과를 취합하고,,, 여간 알파에 드는 시간이 많이 드는것이 아니다.

그래서 클러스터와 job 매니지먼트가 있다. 여기서는 리눅스 기반의 클러스터에 효율적으로 R 코드를 수백대의 컴퓨터에 실행하고 그 결과를 손쉽게 얻는 방법을 소개한다.

기본적으로 R의 경우에는 Interaction 프로그램으로 사용자와의 대화 형식으로 코드를 작성하게 된다. 명령->응답->명령->응답,,,의 형식 따라서 R 코드를 Bash에서 사용하기 위해서는 --quite, --no-save의 옵션을 통해서 처음 나오는 R에 대한 소개와 종료시 저장여부를 없애버려야 한다. 자세한 내용은 슬라이드~~

Interaction R


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