네트워크 복잡계 - 질병 네트워크

예전에 다음의 포스팅을 통해서 고려대학교 고광일 교수님의 논문과 질병네트워크에 대해서 언급한적이 있다.

질병 네트워크 - 알츠하이머와 천식
천식과 관련된 protein interation 네트워크
질병 네트워크

오늘 센터 세미나 시간에 고광일 교수님을 초정했는데  PNAS 논문의 Fig. 13.의 멋진 그림 포스터를 잔뜩 가지고 오셨다. 2박스를 보내줘서 아직 남아 있다고 하시면서,,, ^^;; 감사합니다.

인간질병네트워크의 일부분으로서 복잡계 연구의 주요 방법론 중 하나인 복잡계 네트워크 이론을 생체계에 적용한 예이다. 둥근 노드는 유전질환을, 네모난 노드는 유전자를 나타낸다. 어느 유전자의 돌연변이가 특정 유전질환의 발현에 연관되면 이 유전자와 유전질환이 링크로 연결된다. 노드의 색깔은 서로 다른 질병의 종류를 나타낸다. 이러한 네트워크를 통해 질병상태의 거시적 연관 관계를 게놈 수준에서 개괄할 수 있다. - 출처 : 한국물리학회

저런 그림을 그려보고 싶다면 Disease ID, Disorder Name, Gene Symbols, OMIM ID, Chromosome, Class의 형태의 아래의 엑셀 파일을 다운로드한 후(고광일 교수님의 PNAS 논문의 Supplement(PDF)를 엑셀로만 변경, 완전 노가다 ㅜㅜ)  - 적당한 툴(Pajek이나 Processing도 좋을 듯,,,)을 이용해서 위와 같은 멋진 네트워크를 만들면 끝,,,

Class는 해당 질병의 분류로 뼈에 관련된 질병인지, 암에 관련된 질병인지에 따라 원의 색상을 지정한것이고, 얼마나 많은 유전자들이 해당 질병에 관여하는지에 따라 원의 크기를 달리하게 된다. 제일 처음 한 질문이 저 Class는 어떻게 분류하셨는지,, 대답은 전공자가 커다란 책 놓고 일주일동안 손수 분류했다는 ^^

Disease File