SNPedia Annotation

The World's Top 11 annotated man(2009/06/26 Now ^^)

순위	이름	Annotation	비고
1	NA07022_whole	5906	Whole
2	YanHuang_whole	5495	Whole
3	David Ewing Duncan_pooled	5351	pooled
4	Timothy Richard Gall_pooled	4858	pooled
5	JerryEmanuelson_pooled	4767	pooled
6	Ngnomics_pooled	4756	pooled
7	Kim Seong-jin_whole	4413	Whole
8	Dichro_pooled_2	4328	pooled
9	David Ewing Duncan_23andme	4307	23andMe
10	Dichro_23andme_v2	4297	23andMe_v2
11	Hyungyong Kim_23andme_v2	4193	23andMe_v2

David Duncan라는 사람이 URDB(The Universal Record Database)에 따르면 자신의 유전정보에 대한 어노테이션(Promethase의 분석 결과로 나온 정보)이 전세계적으로 가장 많이 되어 있다고, 즉 자신의 정보를 가장 많이 알 수 있다는 글 을 올렸고, 이에 대해서 대략적인 결론은 SNPedia의 Mike가 더 많은 어노테이션이 된 사람이 있고, 빠르게 급변하는 genomic 영역에서 이런 따위?는 무의미 하다는 글을 남기기도 했다.

SNPedia의 데이터에 따르면 NA07022라는 백인 샘플?이 5,906개의 정보를 가지고 있기 때문에 가장 많다. 그 다음은 양 후안밍(중국) 박사가 5495개로 그 뒤를 따르고 있다. 이 두명은 특정 플랫폼을 사용해서 genotyping을 한것이 아니라 whole 지놈을 분석한 사람이고, 그 뒤를 이어서 Duncan이 5351개로 3위에 있다. Duncan은 위의 두명과는 달리 23andMe, decodeme, navigenics 총 3개의 서비스를 합친 정보에 대한 5351개의 정보를 가지고 있다.

모든 사람들의 주석처리된 정보 수(from SNPedia Data)


23andeMe 서비스를 받은 사람들은 평균 3874개의 정보를 지니고 있다.
(23andMe's  average annotation: 3874)


deCODEme 서비스를 받은 사람들은 평균 3187개의 정보를 지니고 있다.
(deCODEme's  average annotation: 3187)


PGP10에 참가한 사람들은 평균 1131개의 정보를 지니고 있다.
(PGP10's  average annotation: 1131)

Navigenics 서비스를 받은 사람들은 평균 1439개의 정보를 지니고 있다
Whole Genome 시퀀싱을 한 사람들은 평균 4946개의 정보를 지니고 있다.
(Navigenics's  average annotation: 1439,
Whole genome sequecing average annotation: 4946 )

각 서비스별로 플랫폼이 다르고 플랫폼이 찾아낼 수 있는 SNP의 갯수가 다르기 때문에 어노테이션되는 갯수도 이에 따라 달라지게 된다. 무의미하지만 각각의 서비스를 비교해본다면,

1. Whole genome sequencing : 4946
2. 23andMe: 3874(Illumina 600,000 SNP detection)
3. deCODEme: 3187 (Illumina 1M array?)
4. Navigenics: 1439 (Affymetrix 6.0 array?)
5. PGP10: 1131(??)

내일이면 바뀔지 모르는 데이터입니다. Maybe it will be a changed tomorrow : )