유전자정보분석

KT의 유전체 분석 서비스 GenomeCloud

hongiiv 2012. 12. 10. 14:25
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지난 1년여 남짓 KT라는 회사에 들어와서 정말 필요한 서비스가 무엇인지 고민하고 또 그것을 어떻게 연구자들에게 좋은 모습으로 보여드릴까 고민한 흔적이 이번 "GenomeCloud"라는 서비스로 베타 테스트를 진행하게 되었습니다.

실제 필드에서 산/학/연 모두가 서로 윈윈할 수 있는 그런 서비스를 출시하기 위해 노력했고, 아직은 부족한 부분이 더 많지만, 우선 매 맞을 각오로 오늘 이렇게 선보이게 되었습니다. 우선 서비스는 다음의 두가지로 나뉘어집니다.

바이오인포매틱스 연구자를 죽이는? g-Cluster
저도 한창 이런저런 분석을 하던 시절 제일 불편했던 점 (그 반대로 핑계가 되어 나를 보호해준?)이 내가 원하는 시간에 바로 분석을 할 수 없었던 점입니다. 항상 연구소나 학교의 컴퓨팅은 바쁘게 돌아가죠. 

프로그램 설치하다보면 하루 이틀은 기본이고, 또는 오픈소스라는 것이 설치하다 보면 뭐 이리 필요한 라이브러리도 많고 버전도 많이 타는지 이것저것 하다보면 정말이지 짜증 그 자체죠.

바로 이러한 불편함을 해소하기 위해서 나온것이 g-Cluster 입니다. g-Cluster는 여러개의 컴퓨터들을 묶어 클러스터 컴퓨팅을 제공하는 서비스로 이바닥에서 주로 사용하는 툴들을 미리 설치해서 바로 사용 가능하도록 제공합니다. 사용자는 컴퓨팅 자원이 필요할때만 사용하고 또 사용한 만큼만 비용을 지불하게 됩니다.

다만 불편한 점이 있다면, 이제 컴퓨팅 자원이 없다는 등의 핑계를 더 이상 할 수 없다는 것이죠 -.-;; 죄송합니다. PI분들께 열심히 홍보해서 더 이상 저런 핑계를 못하도록 할테니까요!! ㅎㅎ

물론 아직까지는 제한된 소프트웨어만을 지원하고 있습니다. 하지만 베타 테스트를 거쳐 의견을 수렴하여 좀 더 많은 소프트웨어를 지원하고 추후 galaxy 등의 통합 분석환경 또한 제공할 예정입니다. 또 시간이 나면 각 연구소에서 사용하는 파이프라인에 대해 의견을 받고 이를 지원하는 일이 적극 협조할 것입니다.

생물학자를 위한 g-Analysis 
 컴퓨터를 다룰 줄 아시는 분들은 g-Cluster 만으로도 충분하지만, 생물학자들은 컴퓨팅 자원이 있더라도 분석에 어려움을 겪을 수 있습니다. 모든 연구소나 학교가 바이오인포매틱스 연구자를 둘 수만은 없고, 언제까지나 외부의 도움을 받을 수도 없는 상황이라면 g-Analysis를 이용해 보는 것도 좋은 방법입니다.

g-Analysis는 현재 NGS 분석 작업에서 가장 많은 컴퓨팅 자원을 필요로 하는 부분인 Mapping과 Variant Calling을 웹 환경에서 마치 윈도우 탐색기를 다루듯이 관리 할 수 있을 뿐만 아니라 wizard 기능을 통해 마우스 클릭만으로도 손쉽게 분석 옵션을 설정할 수 있습니다.

대규모의 프로젝트라면 데이터생산과 관리에 별도의 인력이 투입 되어 추후 데이터를 사용하는데에 불편함이 없지만, 소규모의 프로젝트인 경우 g-Analysis를 이용하는 것만으로도 데이터 관리가 가능합니다. 폴더별로 데이터를 관리함으로써 연구의 지속성 측면이나 효율성 측면에서 분명 강점이 될것입니다.

외장 하드디스크에 묵혀둔 FASTQ나 BAM  파일을 이제 꺼내서 g-Analysis와 함께 체계적인 데이터 관리를 경험하세요~~~고갱님....ㅋ

g-Analysis의 데이터는 g-Cluster로 보내자!
앞서 설명한 두 서비스는 별개의 서비스이자, 하나의 통합된 서비스입니다. g-Analysis의 모든 데이터는 g-Cluster로 Export하여 추가적인 분석을 수행할 수 있습니다. 공동 연구를 진행하거나 할때에 원하는 데이터셋만을 g-Cluster로 Export하고 서로 연구를 진행할 수도 있습니다. 이 모든것이 단지 마우스 클릭 한번으로 수백기가바이트의 데이터가 서로 공유되고 협업 할 수 있는 환경이 구축됩니다.

그렇다면 한번 써 보시죠.
이번 연말까지 베타 테스트를 수행하고 있습니다. 관심있으신 분들은 다음의 링크를 통해 한번 도전!해 보시기 바랍니다. 신청서를 작성하시는 분들에게는 공지에는 없지만 소정의 상품도 준비되어 있다는 설이 있습니다. ㅋㅋㅋ

하고 싶은 말은 많지만, 오늘은 여기서 줄이고 다음부터는 실제 사용 방법을 위주로 찾아뵙도록 하겠습니다. 감사합니다. 고갱님....


GenomeCloud 베타 이벤트 페이지 바로가기 http://goo.gl/4l8iY

GenomeCloud 홈페이지 https://www.genome-cloud.com




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