컬럼 14

내 입맛대로 골라본 Genome 관련 업체 소식

Edico Genome이라는 회사에서 ASIC (Application Specific Intergrated Circuit)을 이용한 Genome Analysis Accelerator Card를 만들어 FASTQ의 Mapping/Aligning/Sorting에 이르는 과정의 속도 향샹을 이루고 이 카드를 장착한 서버를 클라우드 형태의 DRAGEN Cloud 서비스를 내놓았는데 기존에 BLAST 전용의 ASIC , GPU를 활용하는 등등이 나왔었고 얼마전에는 Intel CPU의 AVX의 기능을 통해 GATK의 성능을 올리는 등 하드웨어 부분에서도 genome 분석의 성능 향상 부분이 종종 나옴 Celmatix라는 회사는 genome의 clinical 분야로의 진출을 도모하는 회사로 유사한 업체로 Cartag..

컬럼 2014.04.10

Clinical NGS Seqeuncing에서의 중요 체크 포인트

NGS techologies기반의 WES, WGS는 비록 국내에서는 아니지만, clinical diagnosis, genetic risk prediction, patient management에서 루틴하게 사용되는 주목할만한 패러다임으로 자리잡았다.이러한 clinical genetics에서 bottleneck은 더이상 DNA sequence production이 아니라 DNA sequence analysis로 옮겨간 것은 누구나다 인지하고 있는 사실이며, large-scale comparative genomics는 일관성 있는 재생산성, 협력 연구자와의 안전한 공유 등 많은 허들이 존재한다. raw sequencing read를 생산하고 실제 clinical interpretation하기까지 clinic..

컬럼 2014.03.18

유전체 분석 툴 라이센스 - GATK

얼마전 미국의 에어리오의 클라우드 재전송이 화두가 되었다. 에어리오의 서비스는 가입을 하면 가입자들의 안테나를 자사의 데이터센터에 설치하여 방송을 수신하고(가입자들에게 안테나 하나씩 지정) 수신받은 방송을 가입자의 기기에 전송한다. 에어리오가 공중파를 수신하고 이를 사용자에게 배분하는게 아니라 각각의 가입자들에게 안테나를 지급하고 수신한 것을 다시 가입자에게 전송한다는 개념이다. 이러한 서비스 방식이 공중파 업체들에게 재전송료를 지불하지 않고 이루어지는 것이다. (에어리오 관련 기사) 당연히 공중파 업체는 에어리오가 말이 안되는거고, 에어리오 입장에서는 가입자가 자신의 안테나로 수신한것을 전달만 하는 입장에서 일정의 요금을 받는것이기에 문제가 없다는 것이다. 핵심은 이러한 방식이 지상파의 재전송이냐? 아..

컬럼 2014.01.16

Galaxy RNA-Seq Analysis: Tuxedo Protocol

Tuxedo Protocol을 Galaxy를 이용하여 구현하여 RNA-Seq 데이터를 분석하는 방법에 관한 내용입니다. 분석 결과를 IGV와 Galaxy의 visualization을 이용하여 시각화하는 방법과 CummeRbund를 이용하는 방법에 관한 내용입니다. Galaxy를 이용하는 방법은 Galaxy Main 페이지를 통해 무료로 사용 가능합니다만, 계정당 250 GB의 제한과 최대 동시 수행할 수 있는 job의 갯수가 8개로 제한되어 있습니다. 또한 사용자가 많아지면 job 대기 시간도 길어지며 업로드에도 많은 시간이 걸린다는 단점이 있어 실제 대용량의 데이터를 분석하는데에는 어려움이 있는것이 사실입니다. 그 대안으로는 로컬 클러스터에 직접 설치하거나 Amazon의 컴퓨팅을 이용하는 방법이 있습니..

컬럼 2013.12.29