Workflow 5

생명 과학 그리드 컴퓨팅 트랜드 - computing 그리드에서 knowledge 그리드까지

생명 과학 분야에서 그리드를 이용한(e-Science라고 불러도 되겠죠 ^_^) 본격적인 응용이 개발되고 있습니다. 이전까지 기반 기술에 대한 연구가 어느 정도 된 상태이기 때문에 이젠 본격적으로 이러한 그리드 기반 기술을 이용한 다양한 응용이 이루어지는 원년이라고 봐도 될것같습니다. 이제 몇년 후에는 신기술이 아니라, 우리가 인터넷으로 메일을 보내는 것처럼 자신의 분야에 맞는 그리드를 이용한 연구가 자연스러워질 거라고 확신하고 있습니다. 지금까지 제가 알아 본 생명 과학 분야의 그리드 응용은 다음과 같습니다. KISTI의 e-Science 사업단(http://escience.or.kr/ , 단장 변옥환)의 응용연구팀에서 "BT/NT분야 응용연구"를 수행 중 대전 한국정보통신대학교의 ITRC Grid M..

빅데이터분석 2008.03.19 (7)

R 과 Rserve를 이용한 Taverna 프로그래밍

향후 Bioworks의 경우 각종 스크립트 언어를 추가하여 사용자가 워크플로우내에서 프로그래밍을 통하여 필요한 기능을 추가할 수 있도록 할 계획에 있다고 한다. Taverna의 경우는 BeanShell이라는 Java 언어를 통하여 사용자가 워크플로우내에 프로그래밍 로직을 작성할 수 있도록 해주고 있다. 기타 Perl, python, Ruby등의 다른 스크립트 언어에 익숙한 사용자에게는 다소 불편함이 있을 수도 있다. 어쨌든 이러한 프로그램 언어의 사용과 더불어 Taverna에서는 통계 언어인 R(Bioinformatics에 관련된 라이브러리도 상당히 많이 존재하죠 ^ㅇ^)을 사용할 수 있도록 하고 있는데, 바로 RShell을 통해서다. Taverna의 RShell은 R을 TCP/IP 기반으로 원격에서도 ..

R 2007.11.16 (4)

워크플로우를 사용하는 e-Scientists와 Social Networking

얼마전 [네트워크와 융합과학] 암세포 연구에도 '네트워크' 이론 적용이라는 기사를 본적이있다. 간단하게 요약하자면 인터넷과 같은 정보 네트워크에서 연결선이 많은 허브를 가지고 있고 이러한 허브가 존재하는 척도 없는 네트워크는 인터넷과 같은 정보 네트워크에서만이 아니라, 단백질 상호작용네트워크에서도 허브 단백질의 존재가 있어 이 또한 척도 없는 네트워크를 형성하고 있다. 이렇듯이 인터넷 시대를 맞이하여 정보교환이 활발해지고, 서치엔진의 발달로 각 연구 분야에에서 숨겨져 있던 연구결과들이 드러나고있다. 이러한 연구결과의 융합으로 새로운 연구의 창출 노력이 일어나고 있다는 것이다. 이 글은 융합과 허브라는 두 단어로 마무리된다. 허브를 통한 정보의 교환, 공유, 협업 그리고 새로운 융합의 탄생... 그러다가 ..

blogging 2007.08.30