Taverna를 통해서는 주어진 문제를 모두 풀었지만, Biopipe를 가지고는 아직도 문제를 풀고 있습니다. 아니 문제를 푼다기 보다는 모듈 또는 어답터를 요청하고만 있습니다. 앞으로 실제 사용하는 사용자들도 이러한 어답터나 자신이 원하는 모듈에 대한 제작 의뢰를 KOBIC에 하게 될텐데요. 지금까지 KOBIC의 대응에 대해서 몇가지 짚고 넘어가야 할 부분이 있어서 이렇게... 우선 칭찬은 아님니다. ^^;; 너무 수고 하시는데 죄송합니다. Biopipe의 최대강점은 앞선 포스팅에서도 언급했듯이 모듈의 제작과 어답터 지원이라고 할 수 있다. 향후 어답터 부분은 시맨틱웹을 통해서 온톨로지 기반으로 지능을 추가하여 사용자가 일일이 어답터에 대한 신경을 쓰지 않고서도 지능이 내장된 시스템을 통해 어느 정도의..
9월 3일 Biopipe 교육이 숭실대학교에서 있었습니다. 1시부터 교육이 시작이었는데, 날씨가 무척이나 더웠습니다. 숭실대에 도착하니 시간이 시간인지라 더위에 헥헥대면서 벤처관을 찾았습니다. 12시50분쯤 도착했을 때에는 몇몇분이 강의실에 앉아 계셨습니다. 두리번 두리번 어 맞게 찾아왔나~ 촌놈마냥 두리번 거리자 한분이 홍창범씨 맞으시죠.. 블로그의 제 모습을 보고 KOBIC의 김태형씨가 인사를 먼저 건네셨습니다. ^^;; 온라인 상으로 한번 대화를 했을 뿐인데 공통의 관심사를 갖고 있어서인지 낯설지가 않았습니다. 총 3분이 KOBIC에서 나오셨는데, 김태형씨, 권제근씨, 그리고 한분은 멋지게 생기셨는데 이름이 가물가물 죄송합니다. 첫번째 교육은 biopipe와 관련되어 전반적인 내용을 김태형씨가 맏아..
이전까지는 유전체 문제를 풀어보았는데 이제 단백체 문제를 풀어보도록 하겠다. KOBIC의 Biopipe를 통해서 문제를 풀어야 하는데, 계속해서 Taverna를 이용해서 문제를 풀고 있으니... 경진대회에 참가하려면 Biopipe로 작성해야 하는데 ㅋㅋ 자! 그럼 단백체 1번 문제를 살펴보자. OMIM 데이터베이스를 이용해서 질병관련 유전자를 찾고 이 유전자의 Symbol을 이용해서 단백질 서열을 얻은다음 EBI interproscan을 통해 얻어진 정보를 이용해 막관련 단백질을 추출하여 대상 질병에 대한 Pathway 정보를 얻는것이 1번문제이다. 처음으로 일본의 XML Central of DDBJ에서 제공하는 OMIM 관련 웹 서비스( http://xml.nig.ac.jp/wsdl/OMIM.wsdl)..
아래 내용은 Biopipe 경진대회에 연결툴 요청에 관한 답변이다. 파일형태의 output을 String형태의 input과 연결하기 위한 File2String과 그 반대인 String2File에 대한 모듈을 작성했다고 연락이 왔다. Biopipe 홈페이지에는 이 내용이 없는것 같아서 답변내용을 블로그에 올린다. 다른 참가분들도 이모듈을 이용해서 디자인 하시길...^&^ Reply: 1. 기존의 모듈이 나타나지 않은 이유 : searchSimple 이란 모듈이 온톨로지상에 3개 이상이 있습니다. 따라서 참가자분께서 사용한 것과 제가 만든 Adapter가 일치하지 않았습니다. 2. 현재상태 : 참가자분께서 만든 모듈간의 Adapter를 만들었습니다. 그리고 추가적으로 Ontology상에 String2File..