"삼성SDS(대표 김인)와 가천의과학대학교(총장 송석구), 한국 생명공학연구원(원장 박영훈)은 6일 삼성SDS 본사에서 삼성SDS 정보기술연구소장 박승안 전무와 가천의대 이길여암·당뇨연구원의 김성진 원장, 박종화 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터장이 참석한 가운데 바이오인포메틱스 기술 개발을 위해 양해각서를 교환했다." 오늘자 기사군요, 몇 주전 이 삼각구도를 들었었는데, 실제 기사가 나왔군요. 이 이야기를 듣고 생각난 것 몇 가지? 1) 그렇게 떠들어 댔던 맞춤의학, 예방의학이 이제 삼성이 손을 댈 만큼 성숙한 건가? 제가 알기로는 삼성계열은 돈 되지 않으면 잘 안움직이는 걸로 아는데,,, 여기에 대해서 아시는 분은 댓글 좀^^;; 2) 마지막에 구글을 언급하는건 23andMe일텐데,,, 최종 ..
영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..
9월 3일 Biopipe 교육이 숭실대학교에서 있었습니다. 1시부터 교육이 시작이었는데, 날씨가 무척이나 더웠습니다. 숭실대에 도착하니 시간이 시간인지라 더위에 헥헥대면서 벤처관을 찾았습니다. 12시50분쯤 도착했을 때에는 몇몇분이 강의실에 앉아 계셨습니다. 두리번 두리번 어 맞게 찾아왔나~ 촌놈마냥 두리번 거리자 한분이 홍창범씨 맞으시죠.. 블로그의 제 모습을 보고 KOBIC의 김태형씨가 인사를 먼저 건네셨습니다. ^^;; 온라인 상으로 한번 대화를 했을 뿐인데 공통의 관심사를 갖고 있어서인지 낯설지가 않았습니다. 총 3분이 KOBIC에서 나오셨는데, 김태형씨, 권제근씨, 그리고 한분은 멋지게 생기셨는데 이름이 가물가물 죄송합니다. 첫번째 교육은 biopipe와 관련되어 전반적인 내용을 김태형씨가 맏아..
이전까지는 유전체 문제를 풀어보았는데 이제 단백체 문제를 풀어보도록 하겠다. KOBIC의 Biopipe를 통해서 문제를 풀어야 하는데, 계속해서 Taverna를 이용해서 문제를 풀고 있으니... 경진대회에 참가하려면 Biopipe로 작성해야 하는데 ㅋㅋ 자! 그럼 단백체 1번 문제를 살펴보자. OMIM 데이터베이스를 이용해서 질병관련 유전자를 찾고 이 유전자의 Symbol을 이용해서 단백질 서열을 얻은다음 EBI interproscan을 통해 얻어진 정보를 이용해 막관련 단백질을 추출하여 대상 질병에 대한 Pathway 정보를 얻는것이 1번문제이다. 처음으로 일본의 XML Central of DDBJ에서 제공하는 OMIM 관련 웹 서비스( http://xml.nig.ac.jp/wsdl/OMIM.wsdl)..