단맛만좋아요

"삼성SDS(대표 김인)와 가천의과학대학교(총장 송석구), 한국 생명공학연구원(원장 박영훈)은 6일 삼성SDS 본사에서 삼성SDS 정보기술연구소장 박승안 전무와 가천의대 이길여암·당뇨연구원의 김성진 원장, 박종화 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터장이 참석한 가운데 바이오인포메틱스 기술 개발을 위해 양해각서를 교환했다." 오늘자 기사군요, 몇 주전 이 삼각구도를 들었었는데, 실제 기사가 나왔군요. 이 이야기를 듣고 생각난 것 몇 가지? 1) 그렇게 떠들어 댔던 맞춤의학, 예방의학이 이제 삼성이 손을 댈 만큼 성숙한 건가? 제가 알기로는 삼성계열은 돈 되지 않으면 잘 안움직이는 걸로 아는데,,, 여기에 대해서 아시는 분은 댓글 좀^^;; 2) 마지막에 구글을 언급하는건 23andMe일텐데,,, 최종 ..

영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..

지난 10월1일 생명공학연구원의 국가생물자원정보관리센터(KOBIC)에서 주최한 Biopipe 경진대회의 시상식이 있었습니다. 그동안 경진대회에 대한 블로그도 작성하고 나름 성의껏 대회에 참가했더랬죠 ^ㅇ^/ 그 결과로 입상을 했습니다. 위사진의 생공연원장님과 시상식에서 찍은 사진입니다.

BioPipe 경진대회의 문제 풀이 진행 상황에 대해서는 아래의 링크를 클릭하면 되고요 ^^ 지속적으로 업그레이드 되고 있습니다. 블로그에다가는 계속적으로 쓰기가 좀 마땅치 않아서 SpringNote를 이용하고 있습니다. ^^ 현재까지의 진행상황

9월 3일 Biopipe 교육이 숭실대학교에서 있었습니다. 1시부터 교육이 시작이었는데, 날씨가 무척이나 더웠습니다. 숭실대에 도착하니 시간이 시간인지라 더위에 헥헥대면서 벤처관을 찾았습니다. 12시50분쯤 도착했을 때에는 몇몇분이 강의실에 앉아 계셨습니다. 두리번 두리번 어 맞게 찾아왔나~ 촌놈마냥 두리번 거리자 한분이 홍창범씨 맞으시죠.. 블로그의 제 모습을 보고 KOBIC의 김태형씨가 인사를 먼저 건네셨습니다. ^^;; 온라인 상으로 한번 대화를 했을 뿐인데 공통의 관심사를 갖고 있어서인지 낯설지가 않았습니다. 총 3분이 KOBIC에서 나오셨는데, 김태형씨, 권제근씨, 그리고 한분은 멋지게 생기셨는데 이름이 가물가물 죄송합니다. 첫번째 교육은 biopipe와 관련되어 전반적인 내용을 김태형씨가 맏아..

이전까지는 유전체 문제를 풀어보았는데 이제 단백체 문제를 풀어보도록 하겠다. KOBIC의 Biopipe를 통해서 문제를 풀어야 하는데, 계속해서 Taverna를 이용해서 문제를 풀고 있으니... 경진대회에 참가하려면 Biopipe로 작성해야 하는데 ㅋㅋ 자! 그럼 단백체 1번 문제를 살펴보자. OMIM 데이터베이스를 이용해서 질병관련 유전자를 찾고 이 유전자의 Symbol을 이용해서 단백질 서열을 얻은다음 EBI interproscan을 통해 얻어진 정보를 이용해 막관련 단백질을 추출하여 대상 질병에 대한 Pathway 정보를 얻는것이 1번문제이다. 처음으로 일본의 XML Central of DDBJ에서 제공하는 OMIM 관련 웹 서비스( http://xml.nig.ac.jp/wsdl/OMIM.wsdl)..

아래 내용은 Biopipe 경진대회에 연결툴 요청에 관한 답변이다. 파일형태의 output을 String형태의 input과 연결하기 위한 File2String과 그 반대인 String2File에 대한 모듈을 작성했다고 연락이 왔다. Biopipe 홈페이지에는 이 내용이 없는것 같아서 답변내용을 블로그에 올린다. 다른 참가분들도 이모듈을 이용해서 디자인 하시길...^&^ Reply: 1. 기존의 모듈이 나타나지 않은 이유 : searchSimple 이란 모듈이 온톨로지상에 3개 이상이 있습니다. 따라서 참가자분께서 사용한 것과 제가 만든 Adapter가 일치하지 않았습니다. 2. 현재상태 : 참가자분께서 만든 모듈간의 Adapter를 만들었습니다. 그리고 추가적으로 Ontology상에 String2File..

새로운 문제가 오늘 따근따근하게 올라왔으니 한번 어떤가 풀어봐야겠다. 문제 풀이라기 보단 그냥 힌트로 블럭 조립하는 느낌이다. 새로운 문제의 1단계는 'Candidatus Carsonella ruddii PV'라는 세균의 전체 유전체 서열을 FASTA 포맷으로 가져오고 코딩서열 (CDS) 목록을 포함하는 유전체의 주석 정보를 GenBank flat file 포맷으로 가져오기 바랍니다. DDBJ에서 제공하는 GIB 데이터베이스의 웹 서비스를 이용하면 된다. 우선 Candidatus Carsonella ruddii PV 라는 세균의 GIB에서 제공하는 ChID를 알아야 이 세균에 대한 정보를 얻을 수 있다. 따라서 이름을 가지고 ChID를 얻어오는 getChIDFromOrganismName을 사용한다. ge..

어제 포스팅에서 언급했던것과 같이 Biopipe를 통해 문제를 해결하려고 Biopipe 사이트에 들어가서 차근차근 진행하다가 내가 잘못해서 그런지 몰라도 처음부터 꽉 막혀 버렸다. WSDbfetch_fetchData를 통해서 서열을 얻고 이를 protein 서열로 바꾸기 위해nucleic_translation_transeq를 사용했다. 각각의 모듈을 독립적으로 실행시 잘 돌아간다. 전체적으로 돌리면 아무런 반응이 없다. 시간이 흐른뒤 점심을 먹고 다시 해보니 잘 된다. 이런 QnA란에 올랐던 글을 지웠다. 아직 답변이 올라오기 전이라. 내가 뭔가 잘못했던건가??? 그래 이번엔 searchSimple을 통해 protein 서열에 대해 blastp를 수행하려고 했다. nucleic_translation_tr..

아래 포스팅에도 언급했던 이번 국가생물자원정보관리센터(KOBIC)에서는 경진대회에 참가하는 방법이 두가지가 있다. 첫째, 직접 생물학적 의미를 가지는 파이라인을 본인이 직접 제작하는 방법 둘째, 제출된 문제를 해결하는 방법 우선 아이디어가 없기 때문에 ^^;; 제출된 문제를 해결해보기로 했다. 문제는 간단했다. 유전체와 단백체를 나뉘어 있으며 각 3단계의 총 6개의 문제가 제출되어있다. 각 문제는 독립적인 문제가 아니라 연결되어지는 말그대로 단계별로 풀어야한다. 유전체의 1단계 문제는 관심있는 유전자 아이디(refseq ID)를 이용하여 Nucleotide 서열을 받아오는 문제이다. 그럼 1단계의 문제를 풀기 위해서는 우선 refseq ID를 입력으로 넣으면 해당 Nucleotide 서열을 반환하는 서비..