taverna 26

Taverna 2로 가는 길목에서 Taverna 1.7 버전이 나왔습니다.

우선 1.7 버전으로 업그레이드 되면서 눈에 띄게 달라진 점이라면 T2 Activity palette, Taverna 2 preview의 2개의 Perspective가 화면 상단에 추가 되었구요. 사용할 수 있는 공개 플러그인들도 대거 추가되었습니다. 내년 6월인가에 Taverna 2 버전이 발표된다고 하는데 미리미리 그 기능들을 보여주는거 같습니다. Papers도 버전업되고 이것저것 연말이라 그런지 버전업 붐입니다. 얼른 업그레이드 해야지 ^^

Taverna 2007.12.20

생물학 관련 워크플로우 관리 도구

Workflow Management System이란? The software component taht "defines, manages and executes worflows through the execution of sotware whose order of execution is driven by a computer representation of wht workflow logic", according to Workflow Managenemt Coalition(WfMC) Reference Model, is named Workflow Management System(WMS). 바이오인포매틱스와 WMS 바이오인포매틱스에서도 Workflow Management System과 것들이 이미 개발되어 biosc..

Bioblogs 2007.12.03

Taverna 사용 내역을 기록하기

Taverna에서는 자신이 수행한 워크플로우에 대한 내용을 데이터베이스에 기록해 놓을 수 있다. input과 output을 비롯해서 중간에 생성된 결과물까지 몽땅 데이터베이스에 기록해 놓았다가 언제든지 다시 실행해 볼 수 있다. 바로 LogBook이라는 플러그인이 그것을 가능하게 해준다. 위의 그림처럼 자신이 수행한 워크플로우에 대한 모든 내역을 기록하고 다시 꺼내 볼 수 있도록 하고 있다. MySQL 데이터베이스만 설정해 주면 사용준비 끝이다. 자신의 작업 내역을 기록해 보고 싶다면 강력 추천한다. 또 한가지 Taverna에서 Beanshell을 가지고 java 프로그램을 작성할 때 외부의 jar 라이브러리를 불러다가 프로그램을 작성할 수 있는 기능이 있는데, Beanshell의 설정창 맨 마지막 탭을..

Taverna 2007.11.21

Taverna에서 스크립트언어(perl, python, ruby 등등)는 사용할 수 없나요??

위의 워크플로우는 input으로 받은 내용을 가지고 c:\perl\example\example.txt라는 파일을 만들고 perl스크립트를 통해서 해당 파일을 읽어서 result로 출력하는 워크플로우이다. 뭐 간단한 것이지만 외부 Perl 프로그램을 수행한다는 점이 주목할만하다. Taverna에 대해 이야기 하다가 가장 많이 듣는 부분이 java로만 프로그래밍 할 수 있나요??라는 부분인데, taverna에서는 외부 커맨드라인 기반 어플리케이션을 수행할 수 있는(즉 perl, python, ruby등등 모두 해당) processor가 존재한다. Available Processor > Local Services > Local Java widgets > io > Execute cmd-line app 프로세서가..

howto 2007.11.19

제 1회 Taverna 경진대회

경진대회 꼭 KOBIC이나 KISTI만 하라는 법 있나요?? 제 1 회 Taverna 경진대회 시작합니다. ^^;; 문제 여기를 누르시거나(마우스 오른쪽 버튼을 눌러서 다른이름으로 저장을 선택해서 저장 ^^) 또는 여기를 누르셔서(myExperiment에 계정을 만들고 로그인하셔야 다운로드 가능) 워크플로우 xml 파일을 다운로드 받으실 수 있고요. 실행해 보면 제 여자친구와 저의 아주 뜨거운 사진을 볼 수 있습니다. 따라서 미성년자는 대회 참가를 허락합니다. ㅎ 얼른 Taverna를 다운받으시고 위의 워크플로우 파일을 실행시켜 보세요. 실행시킨 Taverna결과를 캡쳐해서 보내주시면 됩니다. 상품 추첨하여 소정의 경품(?)을 드리겠습니다. 아직 기념품은 확정되지 않았습니다. 기대해 주세요 ^^;; (경..

Bioblogs 2007.11.16

R 과 Rserve를 이용한 Taverna 프로그래밍

향후 Bioworks의 경우 각종 스크립트 언어를 추가하여 사용자가 워크플로우내에서 프로그래밍을 통하여 필요한 기능을 추가할 수 있도록 할 계획에 있다고 한다. Taverna의 경우는 BeanShell이라는 Java 언어를 통하여 사용자가 워크플로우내에 프로그래밍 로직을 작성할 수 있도록 해주고 있다. 기타 Perl, python, Ruby등의 다른 스크립트 언어에 익숙한 사용자에게는 다소 불편함이 있을 수도 있다. 어쨌든 이러한 프로그램 언어의 사용과 더불어 Taverna에서는 통계 언어인 R(Bioinformatics에 관련된 라이브러리도 상당히 많이 존재하죠 ^ㅇ^)을 사용할 수 있도록 하고 있는데, 바로 RShell을 통해서다. Taverna의 RShell은 R을 TCP/IP 기반으로 원격에서도 ..

R 2007.11.16

myExperiment 오픈 베타 시작

myExperiment에 대해서는 저번 포스팅에서 언급했듯이 한마디로 워크플로우 기반 협업을 위한 커뮤니티이다. 물론 Taverna를 기반으로하는... 그동안 클로즈베타 서비스를 수행중이었는데, 오늘 메일링 리스트에 드디어 오픈 베타를 실시한다고 한다. 모두들 가입하셔서 한번 둘러보시는것도 괜찮을 듯 합니다. 클로즈베타에서는 openid만을 지원했는데 이제는 일반 로그인도 가능한가 봅니다. 기능상에는 큰 차이는 없어 보이나 UI가 많이 바뀌었습니다. 솔직히 클로즈베타때는 별로 안이뻐서 ㅋㄷㅋㄷ 시간이 나면 좀 더 둘러봐야겠습니다. 요즘 Bioworks 후기도 작성해야 해서 돌아다닐 시간이 별로 없네요 ^^;;

Bioblogs 2007.11.14

아무생각없이 Bioworks를 보고 있다가...

어제 오늘은 정말 신났었습니다. Bioworks라는 툴이 KISTI에 의해서 발표되고 이런저런 행사도 시작하고 뭔가 특별한 것이 없어도, 미숙하더라도 그런 시도가 있었다는 것에 사용자로서 감사할 뿐이었습니다. 그런데 Bioworks 홈페이지에서 Bioworks에 대한 소개 페이지를 읽어보다가 이건 완전 Taverna와 다를것이 없다라는 생각이 문득 들었습니다. 이러한 움직임이 많으면 좋지만,,, 그래도 이런식으로 많은것은 아니라는 생각이 들었습니다. 저만의 생각인지... 그래서 Bioworks QnA에 올렸습니다. Taverna와 무엇이 틀리냐고,,, 내일이면 답변이 올라오겠죠,,, 제가 오해하고 있는 뭔가가 있겠죠 ^ㅇ^/ 아니 기능상으로 똑같으면 어떻습니까? MS-워드 있다고 한글 안만들지 않지 않습..

Bioworks 2007.11.07

Bioinformatics 분야에 e-Science 꽃이 활짝 피었습니다.

영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..

Bioblogs 2007.11.06

협업, e-science, 토니 헤이 교수님

토니 헤이(Tony Hey) 교수는 영국 e-Science 프로그램의 책임자를 맏고 계시던 분인데 이제는 Microsoft의 Technical Computing부분의 대빵으로 근무하고 계신가부다. 암튼 이 분 e-science 부분에 대해서 꽤 많은 일들을 하신것 같은데, Grid 2007에서 키노트를 담당하셨다. 간략하게 발표자료를 보면 e-science: Data is easily accessiblee-science: Data is easily shareablee-science: Services expose functionalitye-science: Services can be composede-science: Data and Services can be accessed securelye-scienc..

blogging 2007.11.02