단맛만좋아요

아래 포스팅에도 언급했던 이번 국가생물자원정보관리센터(KOBIC)에서는 경진대회에 참가하는 방법이 두가지가 있다. 첫째, 직접 생물학적 의미를 가지는 파이라인을 본인이 직접 제작하는 방법 둘째, 제출된 문제를 해결하는 방법 우선 아이디어가 없기 때문에 ^^;; 제출된 문제를 해결해보기로 했다. 문제는 간단했다. 유전체와 단백체를 나뉘어 있으며 각 3단계의 총 6개의 문제가 제출되어있다. 각 문제는 독립적인 문제가 아니라 연결되어지는 말그대로 단계별로 풀어야한다. 유전체의 1단계 문제는 관심있는 유전자 아이디(refseq ID)를 이용하여 Nucleotide 서열을 받아오는 문제이다. 그럼 1단계의 문제를 풀기 위해서는 우선 refseq ID를 입력으로 넣으면 해당 Nucleotide 서열을 반환하는 서비..

국가생물자원정보관리센터에서 Biopipe 경진대회를 실시한다. Biopipe는 Taverna와 유사한 워크플로우 툴로서 써보면서 몇가지 장단점을 비교해보았다. Biopipe는 국내에서 개발되어서 아무래도 문제점이나 사용에 있어서 Taverna에 비해 피드백을 받기가 수월한점이 우선 장점이라고 할 수 있겠다. 그러나 아직까지 문서화가 잘 되어 있지 않다는 점은 앞으로 beta 딱지를 떼어내면 좀 좋아 질거라고 생각된다. 조금 모자란 툴이라도 문서화가 잘 되어 있어야 사용자를 끌어들이기가 수월하다. Taverna가 자바어플리케이션인 반면 Biopipe는 웹브라우저 기반의 툴이다. Web 2.0에 맞도록 해당 페이지를 변환하지 않고 모든 작업을 할 수 있을 뿐만 아니라 자신이 만든 Biopipe를 공개함으로써..

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저번 포스팅에서더 잠깐 언급했지만 드디어 myexperiment가 클로즈 베타 테스트를 실시하고 있습니다. 메일을 보냈더니 2~3일 후에 접근 권한을 주는 메일이 와서 어제 한번 쭉 둘러보았다. myexperiment는 작게 보면 Taverna라는 워크플로우 디자인 도구의 결과물(일련의 실험 과정)을 서로 공유하는 web2.0스러운 bio science 관련 웹페이지라고 보면 될것이다. Taverna는 가장 대중적인 웹 서비스 워크플로우 디자인 도구로서 EPSRC(Engineering and Physical Sciences Research Council)의 펀드의 myGrid 프로젝트의 일부로서 GNU Lesser General Public License(LGPL) 하에서 자유롭게 사용이 가능하다. 또한..

영국에서는 e-Biologist를 위해 Grid, Web Services, Semantic Web을 통한 myGrid라는 workbench서비스를 제공하고 있다. myGrid 프로젝트중 Taverna라는 Open Source로 진행되는 workflow 툴이 있는데, 여기서 더 나아가 myExperiment를 통해 workflow를 공유하고 발전시키려는 프로젝트를 진행하고 있다.