데이터가 돌고 있을땐 마땅히 다른일을 하고 싶지가 않다. 멍하니 디버깅 메세지를 쳐다 보거나, 음악을 듣는게 고작이었는데,, 요즘은 미국 돌아다니는 재미에 푹 빠졌다. 오늘은 뉴욕 브로드웨이를 구글맵으로 휘젓도 돌아다니다 타임 스퀘어에서 LG 발견,,, 혹시나 하고 다음 지도를 통해서 한국의 타임스퀘어?? 종로 교보타워를 가보니 왠걸 여기도 LG,,, 특별히 LG를 좋아한다거나, 지인이 있는건 아니지만,, 암튼 반갑다~~!! 그나저나 LG전자 제품이 나에겐,,,, 없네 ^^;;
더욱더 늘어난 저 선들은 어쩌냐고,,, 오늘은 두 가지 기본에 대해서 짚고 넘어가려고 한다. 첫번째는 매뉴얼을 읽지 않는다는것, 내가 만든 매뉴얼은 다른 사람이 읽지도 않고 질문한다고 뭐라고 하는데,,, 나또한 정작 외부 시스템을 사용할때는 매뉴얼을 읽지 않는다... KISTI 슈퍼컴 사용 매뉴얼을 읽지 않고 그냥 job을 던졌다가 낭패 ^^;; 10분정도 시간을 내어 읽어봤다. 디버그 노드에서 mpi 작업을 실행해 볼 수 있다니 비록 30분이긴 하지만,,, 매뉴얼 잊지 말자!!! 두번째는 공개된 데이터에 대한 문제이다. 아무 생각없이 last 폴더를 받았는데,,, 이런 설날 전에 넣은 데이터는 멀쩡히 잘 visualization이 되는데 설 이후 받은 데이터는 보이질 않는다, 설날 후에 last 폴더는..
일전에 포스팅에서도 잠깐 언급했었는데,, 현재 KSNP 데이터베이스를 gbrowse 기반으로 작성하고 있습니다. 그런데 여기서 인종별로 SNP의 빈도를 파이챠트 형식으로 보여주는 부분이 있습니다. 한국인의 경우에는 만명에 대한 Genotyping 결과를 토대로 작성되었구요. HapMap에서는 빨강,파랑으로 보여주는데 영~ 맘에 들지 않는군요, 그래서 한번 제 맘대로 바꿔 봤는데 이것도 영~~~ 좋은 색상 조합있으며 댓글로 남겨주시면 그 중 제일 맘에 드는 놈으로 바꿔 보려고 합니다. 여러분이 제안한 색상 조합이 한국인을 대표한는 Genome 브라우저에 사용될 수 있으니까요 : ) HapMap의 원래 색상 바꿔본 색상
KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 tachyon의 경우 사용자당 10개의 job만 제출할 수 있다. 따라서 실행할 작업이 시리얼한 작업일 경우 한번에 10개 이상의 노드를 사용하기 위해서는 아래와 같이 MPI 코드로 래퍼를 만들어서 실행하면 원하는 갯수 만큼의 시리얼 작업을 한번에 수행할 수 있다. script_0.sh ~ script_N.sh의 스크립트를 미리 만들어 놓은 후 실행 스크립트에서 #$ -pe mpi_fu N으로 지정하면 N개의 스크립트를 하나의 qsub로 해결~!! =====mpi_wrapper.c===== #include "mpi.h" #include #include int main( int argc, char *argv[]) { int done = 0, n, myid, numprocs, i;..
작년 말에 네이버에서 "건강전문 검색 서비스"라는 명목으로 "건강 스마트 파인더 or 질병 스마트 파인더"라는 이름으로 스마트파인더 서비스를 추가했습니다. 말그대로 "똑똑한 찾아주기" 서비스에 질병이라는 주제를 결합했습니다. 증상을 선택하면 해당 증상에 대한 질병정보가 나오죠,, 질병관리본부에서 제공하는 질병정보 - 네이버의 인체 모습이랑 닮았구나!! :) 간단하게 살펴보면, 성별과 어떤 부위에 관련한 증상인지를 선택하면 관련한 질병의 목록이 나타나고 해당 질병을 선택하면 서울대학교병원에서 제공하는 질병정보를 볼 수 있도록 하고 있습니다. 네 그렇습니다. 원래? 질병에 관한 정보는 질병관리본부에서도 제공하고 있었죠,,, 네, 파이어폭스에서 제대로 검색이 되지도 않아서 파폭 검색 플러그인도 만들었었죠 ^^..