추석 명절도 끝나고 일을 하려고 키보드를 두드리지만, 자꾸 엄한 웹페이지만 돌아다니고 있다. 무슨 추석이 끝났는데도, 왜 이리 더운지 -.-;; 일하기 정말 싫다. 어쨌거나 일은 해야해야하니,,, 여기서 잠깐 요즘 작업환경을 간단하게 소개하고 넘어가려고 한다. 일도 하기 싫은데 잘됐다. ^^;; 요즘은 웹 프로그래머가 되어버렸다. 간단하게 php와 prototype, jquery, google maps api, mysql을 가지고 전형적인 웹 프로그래머가 되어 버렸다. ^^;; 테스트를 위한 테스트 서버에 웹서버를 올리고 작업하고 있는데, 처음에는 무턱대고 ssh로 접속해서 vi를 통해서 코드를 작성하고 있었다. 그러다가는 그림 파일을 편집할 경우 scp로 다운받아서 수정하고 다시 scp~~ 왜 이리 콘..
KISTI 슈퍼컴퓨팅센터에서는 슈퍼컴퓨팅 소식지를 발간하는데요, 저 역시 책자로 받아서 잘 읽고 있습니다. 요번 여름호에서는 "시스템 생물학과 슈퍼컴퓨터', 계산유전체학과 병렬 프로그래밍', '슈퍼컴퓨터를 사용한 가상세포연구', 'KISTI Bioworks 시스템소개' 등의 생물학 관련 글들이 많이 올라와서 재미있게 읽고있는데, 뭔가 어디서 많이 본듯한 내용이 보이기 시작했습니다. 이번호 소식지 표지 이 기사는 KISTI에서 만든 Bioworks 시스템을 소개하는 글입니다. 여기서 국내외의 생물학 워크플로우들을 소개하는 부분이 나옵니다. 제 블로그의 글과 소식지의 글을 나란히 열거해봤습니다. 한번 찬찬히 ^^;; 읽어보세요. KISTI 소식지의 BioWMS 내용 2007년 제 블로그에 올린 글의 내용 K..
10,000명에 대한 각각의 500,000개의 데이터 즉, 10,000 x 500,000의 속이 꽉찬 매트릭스가 탄생하게 된다. 여기서 원하는 것들만 뽑아내서 지지고 볶고 다듬는 작업,, sparse matrix도 아니고 ㅜㅜ. 여기서 우선 DB에 넣고 원하는 값만을 뽑아내는 작업을 해봤는데, 프로그램 작성시 DB에 대해서 연결을 해줘야 하고, 인덱스에 테이블 쪼개기, 하드웨어 최적화 등등의 작업까지 모두 해보았지만, 별로 맘에 들지 않는다. 간단한 질의를 수행했지만 6분정도의 시간이 소요 간단하게 말해 10,000 x 500,000 매트릭스 내용을 보여주는 브라우저 - 현재 프로토타입 단계 자세한건 나중에 ^^ 브라우저야 어느정도의 시간을 감수하면서 DB에 넣을 데이터들을 만들었지만, 저 데이터를 가지..
마음껏 파리 한번 잡아보지 못하고 죽어버렸다 ㅜㅜ
The current issue of Nature has a special issue on big data which is full of stuff that might be of interest: http://www.nature.com/nature/journal/v455/n7209/ In particular: Big data: The future of biocuration: "To thrive, the field that links biologists and their data urgently needs structure, recognition and support." http://www.nature.com/nature/journal/v455/n7209/full/455047a.html 한번 읽어봐야지 ^..