HapMap GBrowse HapMap에서 사용하는 gbrowse에 내 데이터 살짝 얹어 보도록 하자. 직접 Genome Browser를 만들 수 없는 상황이라면 아주 유용하게 사용될 수 있을 것이다. 아래 그림은 chromosome 9의 0.7M 영역에서의 HapMap 프로젝트에서 Genotype한 SNP(붉은색 삼각형)들과 dbSNP의 SNP(파란색 삼각형)들을 GBrowse를 통해서 본 것이다. HapMap에서의 Genotyped SNP와 dbSNP SNPs 트랙 여기서 내가 Genotype한 것들이 있을 경우 HapMap, dbSNP들과 비교해 보길 원한다면 자신의 Genotype한 데이터를 GFF 형식으로 만들어서 gbrowse에 살짝 넣어주면 된다. 자 그럼 시작해 보자. GBrowse Hac..
GFF, GBrowser File Format?? ^^, General Feature Format, Gene-Finding Format이라고 알려져있다. 자세한 GFF 문서는 여기에 나와 있다. 생물학 데이터를 표현하고 서로 교환하기 위한 데이터 포맷으로 GBrowse 등에서 사용되고 있다. GBrowse는 의 한 부분으로 앞서 언급한 GFF의 지원 이외에도 다양한 특징을 가지고 있다. 그 중에서 두드러진 특징은 바로 데이터의 공유라고 할 수 있다. GMOD에서는 GMOD Community Meeting과 GMOD Summer School등과 같은 지속적인 행사를 갖고 있는데, summer school의 경우 3일간에 걸쳐 실제 GMOD의 GBrowser 등을 vmware상에서 설치하고 설정도 해보고 또..
보이지도 않는 벽 한 구석에서 열심히 파란빛을 발산하는 Airport,, USB 프린터와 스피커(아이튠)를 무선으로 연결해서 사용하는 기능도 있지만, 아쉽게도 USB 프린터와 그 흔한 스피커가 없기에 ^^;; 왠지 스태들러 제품을 갖고 있으면, 공부??가 잘 되는 느낌이 든다. 왜일까?? 원래 레고 시계에 같이 있던 축구선수였는데, 공은 어디로 도망가고 항상 책상위에서 나를 쳐다보신다. 그리고 맥북이 이상 소리없이 나를 은근히 돕고 있는 녀석들 되겠다. ^^
추가>> 아이콘을 찾을 수 있는 것은 요정도~
구글의 세르게이 브린이 개인 블로그(http://too.blogspot.com)를 개설했다는 기사를 어제 보게 되었다. 역시나(아내 사랑??) 첫 글의 주제는 바로 파킨슨 병[1][2](질병에 대한 정보를 얻고 싶다면 firefox 플러그인을 설치해서 사용하면 편리합니다.)에 관한 내용이었다. 어머니가 파킨슨 병에 걸렸고, 자신 또한 그병에 취약하다는 내용의 글이었다. 이러한 정보는 바로 세르게이의 부인이 일하고 있는 23andMe에서 알아냈겠지 ^^;; 이제는 이러한 유전정보는 세르게이와 같이 일반 개인들의 관심사가 되어가고 있다. Common sense for our genomes 23andMe의 핵심 가치(Core Value) 중 "We believe that your genetic informat..
(맞춤형 개인 의료, 개인 Genome 서비스, Google Health, 23andMe) 논문에서나 볼 수 있는 내용들이 점점 나(개인)에게 실질적으로 다가오고 있다. 이런 상황에서 자신의 Genome 정보를 시각화하고 다른 정보와 결합해서 보여주는 Genome Browser 또한 개인(연구용이라기 보다 좀 아는 일반인)에게 맞추어져야 할것이다. 제임스 왓슨 박사의 개인 Genome 브라우저 - 이런건 일반인에게 필요 없지,,, 만약 23andMe에서 Ensembl이나 UCSC Genome Browser에 개인의 정보를 추가해서 보여준다면 일반인들은 질색을 할 것이다. 그럼 개인의 입장에서 한번 살펴보자. 나는 나의 Genome 정보를 가지고 있다. 그럼 이것만 가지고는 그 어떤 정보도 찾을 수가 없다..