목요일과 금요일 이틀간 연찬회에 참석하느라 안면도에 내려가 있어서 인터넷에 접속을 못했는데 이제야 인터넷을 ㅠㅠ 제가 수요일날 Bioworks QnA에 글을 하나 썼는데 아무래도 마음에 걸려서 ^^;;. 이글을 쓸 당시에는 빨리 사용해보고 후기를 작성해야겠다는 급한 마음으로(주말에는 좀 놀려구 ^^;;) Bioworks를 실행하고 사용하다가 로그인에서부터 기존에 작성하던 User Data의 폴더에 있는 workflow와 data에 접근 하려다가 너무 오랜 시간과 시스템이 다운되는 상황이 되다보니 제가 좀 격해 있었습니다.(ㅎㅎ 계속 그랬었지만...) ^ㅇ^/ 개선할 부분이나 추가해야 할 부분이 많지만, 욕을 먹더라도 사용자들의 의견을 수용하여 제대로 만들어 보겠다는 일념으로 오픈하셨다는것을 알고는있었지만..
KLDP 제9회 코드페스트가 진행되는군요. 그런데 이번에는 청주 라마다 호텔에서 ㅋㅋ 지방에서 개최되는군요. 서울에서 셔틀도 움직인다니 꽤 매력적입니다. 여기에서 참가신청하시면 됩니다. 바로 고향집 근처이기 때문에 어차피 주말에 집에 내려가는 김에 참가 한번 해볼랍니다. ^^ 근데 무슨 프로젝트를 진행하나!! 그냥 먹고 놀다 올까봐요 ^^;; 관심있으신 분들은 같이 Taverna plugin 프로젝트 아이디어 좀 내고 같이 open source 프로젝트나 진행해 볼까요 ^^;;
OBF(Open Bioinformatics Foundation)은 바이오인포매틱스분야의 공개 소스 프로그래밍을 지원하는데 초점을 맞추고 자발적으로 운영되는 비영리 단체이다. 이 단체는 자발적인 프로젝트인 Bioperl, BioJava, BioPython에서 생겼고, 하드웨어 소유를 위한 적당한 조건들과 도메인 네임 관리, 컨퍼런스와 워크샵을 위한 기금마련 등을 처리하기 위해 통합되었다. OBF의 주요한 활동은 다음과 같다. BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 컨퍼런스를 승인하고, 개최한다.미래의 ‘hackathon’ 이벤트를 승인하고, 개최한다.서버와 설비, 은행 계정, 도메인 네임과 같은 자산들을 관리한다.미국의 Delaware주에 비영리 법인으로 조직되어 있..
Taverna에서는 자신이 수행한 워크플로우에 대한 내용을 데이터베이스에 기록해 놓을 수 있다. input과 output을 비롯해서 중간에 생성된 결과물까지 몽땅 데이터베이스에 기록해 놓았다가 언제든지 다시 실행해 볼 수 있다. 바로 LogBook이라는 플러그인이 그것을 가능하게 해준다. 위의 그림처럼 자신이 수행한 워크플로우에 대한 모든 내역을 기록하고 다시 꺼내 볼 수 있도록 하고 있다. MySQL 데이터베이스만 설정해 주면 사용준비 끝이다. 자신의 작업 내역을 기록해 보고 싶다면 강력 추천한다. 또 한가지 Taverna에서 Beanshell을 가지고 java 프로그램을 작성할 때 외부의 jar 라이브러리를 불러다가 프로그램을 작성할 수 있는 기능이 있는데, Beanshell의 설정창 맨 마지막 탭을..
현재 KISTI의 Bioworks는 무한한 가능성을 가지고 있음에도 출발부터가 뭔가 잘못되었다는 생각을 떨쳐 버릴수가 없다. 질문해놨으니 뭔가 속시원한 답변이 있겠지. 아래는 질문내용입니다. 로그인부터 시작해서 User Data에서 폴더를 생성하거나 자신의 데이터를 올리거나, 자신이 이미 작성한 워크플로우나 데이터를 선택하려면 너무 오랜 시간이 걸립니다. 제가 보기에는 사용자의 컴퓨터 사양이 문제가 된다는건 말도 안되는 소리입니다. 역시 프로그램의 배포 방식이 문제가 된다는건 말도 안되는 소리입니다. 가장 기초적인 작업 조차도 할 수 없는 상황에서 너무 답답합니다. 배포 방식을 바꾸던지, bioworks에서 자랑하는 사용자 데이터의 서버 저장 방식의 로직을 바꾸던지 뭔가 해결책을 좀 주시죠. 제가 보기에..