한국인 유전정보 요즘 한국인 유전자 지도 완성과 함께 한국인, 유전정보라는 단어와 함께 유전적 변이의 하나인 SNP(스닙)에 대한 관심도가 증가하고 있습니다. 간단히 사람과 사람간이 차이를 바로 이 SNP을 통해 어느정도 이야기 할 수 있고, 이미 미국을 비롯한 외국에서는 이 SNP을 이용해서 한 사람, 가족에 대한 유전정보를 제공하고 있습니다. 그 대표적인 예가 바로 23andMe가 되겠죠,,, 유전체실용화 사업 우리나라에서도 일찍이 이러한 SNP 연구가 활발히 진행되어 왔고, 그 중심에 국립보건연구원의 유전체센터가 주도적인 연구를 진행해 오고 있습니다. 국립보건연구원은 2001년 부터 보건의료유전체연구사업내의 유전체 실용화 사업을 통해 한국인에 빈발하는 질병의 유전체정보를 수집하고 체계적으로 연구/관..
10,000명에 대한 각각의 500,000개의 데이터 즉, 10,000 x 500,000의 속이 꽉찬 매트릭스가 탄생하게 된다. 여기서 원하는 것들만 뽑아내서 지지고 볶고 다듬는 작업,, sparse matrix도 아니고 ㅜㅜ. 여기서 우선 DB에 넣고 원하는 값만을 뽑아내는 작업을 해봤는데, 프로그램 작성시 DB에 대해서 연결을 해줘야 하고, 인덱스에 테이블 쪼개기, 하드웨어 최적화 등등의 작업까지 모두 해보았지만, 별로 맘에 들지 않는다. 간단한 질의를 수행했지만 6분정도의 시간이 소요 간단하게 말해 10,000 x 500,000 매트릭스 내용을 보여주는 브라우저 - 현재 프로토타입 단계 자세한건 나중에 ^^ 브라우저야 어느정도의 시간을 감수하면서 DB에 넣을 데이터들을 만들었지만, 저 데이터를 가지..
아빠 vs. 딸 엄마 vs. 딸 위의 그림은 일전에 서울대에서 발표했던 내용 중에서 23andMe에서 제공하는 서비스 중 자신의 가족들간의 Genome유사성을 비교해주는 서비스의 일부분이다. 물론 돈을 지불해야만 자신의 Genome 데이터를 볼 수 있지만, 샘플데이터로 Mendel가족(영국의 실제 가족이라고 한다. 물론 그들의 동의를 얻어서 공개하는 것이고,,,)의 엄마,아빠와 딸을 각각 Genome-Wide로 비교한 결과이다. 단순 수치로 보자면 딸은 아빠보다는 엄마를 더 닮았다. 그럼 이 결과는 어떻게 나온것인지 살짝 살펴보고 이것이 의미하는 바를 한번 짚어 보자. 23andMe에서는 자신의 구강에서 DNA를 채취해서(CSI를 보신분이라면 ^^) 약 600,000개의 SNP을 찾아낸다. 바로 이 SN..