Workflow Management System이란? The software component taht "defines, manages and executes worflows through the execution of sotware whose order of execution is driven by a computer representation of wht workflow logic", according to Workflow Managenemt Coalition(WfMC) Reference Model, is named Workflow Management System(WMS). 바이오인포매틱스와 WMS 바이오인포매틱스에서도 Workflow Management System과 것들이 이미 개발되어 biosc..
현재 biopipe.net 사이트는 접속이 불가능하고 http://biocommunity.kr/로 이동하셔서 다시 가입하면 Biopipe를 사용하실 수가 있네요 ^^;; 아직 공식적으로 오픈한건 아닌데 지금 사용해도 괜찮은것 같습니다. 재미있는것은 Biopipe에서 사용 가능한 서비스를 제공하는 곳을 구글맵을 통해서 보여준다는 것입니다. 따라서, 자신이 만든 워크플로우의 흐름의 구글맵을 통해서 확인할 수 있다는 거죠. 참 재미난 기능을 추가 한것같습니다. 혼자 워크플로우 창에 서비스 가져다 놓으면서 어디서 제공하는건가 보고 있습니다. ^^;; 그외에도 여러가지 부분에서 조그마한 변화들이 보이네요. 지금 서비스는 영국과 일본 미국에서 제공하는 것들로 이루어져 있네요 ^^
오늘이 Bioworks 시나리오 공모 마지막 날이었습니다. 후기 작성하느라 시간 보내고 시나리오 작성하느라 시간 보내고 막상 당일 닥쳐서 급하게 만드느라 아이디어는 없고 역시나 한계입니다. 우선 작성해서 제출했다는 것에 의의를 두고 있습니다. 제출하고 참여한다는 것만으로도 Bioworks를 비롯한 국내 연구자들에게 어떠한 힘이될거라는 생각입니다. ^^;; 부디 많은 분들이 참여하고 움직였으면 하는 바램입니다. 이런 기회를 통해 좀더 국내 연구자들의 적극적인 행동이 이끌어졌으면 하는데... 근데 요즘 Biopipe는 홈페이지도 들어가지지 않고 아무런 반응이 없네요. 그냥 스윽 하고 없어져 버리진 않을텐데... 사용자들에게 어떠한 방법으로든 진행사항이 있었으면 하는 아쉬움이 남네요. Bioworks나 Bio..
http://www.myexperiment.org 에 올려 놓은 워크플로우를 보고 한 외국인이 몇 가지 질문을 해왔네요 ^^;; 질문을 잘 못알아 들어서(나는 분명히 local java service를 사용하지 않았는데...암튼) 그냥 감으로 "이걸 물어봤겠지"하고 답변을 해주었는데, 다음과 같이 답변이 왔네요 ^^ Hi, yes, It's what I want. Thanks you so much. Best, 국내의 Biopipe나 Bioworks를 사용하면서도 이런 질문들이 오가는 날이 오겠죠 ^^. 어서 빨리 그런날이 오기를 바라면서...
영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..
요즘 Taverna 플러그인 만들기에 푹 빠져 있습니다. 그냥 재미있을것 같다는 생각으로 시작했는데 이놈의 플러그인을 만드려니깐 Taverna의 전체적인 구조를 알아야 했습니다. 덕분에 Taverna의 구조까지 대충 알게 되어버렸으니..ㅋㅋㅋ eclipse의 경우 플러그인을 만드는 책까지 나와 있는 판에 Taverna는 맨땅(물론 문서화는 잘되어있지만 ^^;;)에 헤딩하면서 꾸역꾸역 만들었습니다. 요놈 보면 볼수록 잘 설계되고 잘 만들어졌다는 생각이 듭니다. 그러나 Biopipe는 어떻게 되어 가고 있는건지 매주 아니 매월 Biopipe 소식지 같은거라도 만들어서 배포했으면 좋으려만 어떻게 되어 가는지 궁금해요!! 갑자기 삼천포로 빠져 버렸네,,, 간단하게 Taverna는 SPI(Service Provi..