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Gmod Gbrowse에 데이터 저장과 쿼리 만들기

Gbrowse에서는 GFF 형식의 데이터를 불러 들여 이를 MySQL 데이터베이스에 넣어서 관리한다. 본 글에서는 데이터를 GFF데이터를 읽어 MySQL에 넣는 방법과 MySQL에 저장된 데이터는 어떤 테이블에 어떤 구조로 들어가는지를 살펴보고, 쿼리를 통해서 MySQL에 저장된 데이터를 불러와 이를 Visualization하는 일련의 과정에 대해서 살펴보도록 하겠다. 1. GFF 데이터를 MySQL에 입력하기 BioPerl 패키지에는 GFF 형태의 데이터를 Gbrowse에서 사용할 수 있도록 MySQL에 넣어 주는 bulk_load_gff.pl 파일을 이용하면 된다. # bulk_load_gff -c -d dbi:mysql:gbrowse_db --user root --password passwd --g..

blogging 2008.10.13

GBrowse Hack 1탄

HapMap GBrowse HapMap에서 사용하는 gbrowse에 내 데이터 살짝 얹어 보도록 하자. 직접 Genome Browser를 만들 수 없는 상황이라면 아주 유용하게 사용될 수 있을 것이다. 아래 그림은 chromosome 9의 0.7M 영역에서의 HapMap 프로젝트에서 Genotype한 SNP(붉은색 삼각형)들과 dbSNP의 SNP(파란색 삼각형)들을 GBrowse를 통해서 본 것이다. HapMap에서의 Genotyped SNP와 dbSNP SNPs 트랙 여기서 내가 Genotype한 것들이 있을 경우 HapMap, dbSNP들과 비교해 보길 원한다면 자신의 Genotype한 데이터를 GFF 형식으로 만들어서 gbrowse에 살짝 넣어주면 된다. 자 그럼 시작해 보자. GBrowse Hac..

Bioblogs 2008.09.27